生信学习笔记-第二章

序列比对分数计算（动态规划）：
一、开gap与延长gap分数相同的序列比对分数计算
1.全局比对：

空间复杂度O（nm），可通过提前计算中点处经过的点来达到节省存储空间的效果。

具体方法如下，先从前往后算到中间一行，再从后往前算，观察两行的最大值确定分界点。

时间复杂度变成O（nm）+T（n/2，j）+T（n/2，m-j）=O（nm）
空间复杂的变成O（4n+m）=O（n+m）=O（max（n，m））
2.局部比对：

3.半全局比对（忽略前缀和后缀的gap）：
在全局比对的基础上将F[0,i]和F[j,0]初始化为0。

二、开gap和延长gap的罚分不同，且延长gap罚分为线性的情况：
采用3个矩阵，分别记录来自当前位置是1.匹配/不匹配 2.上面是gap 3.下面是gap 的情况，V[i,j]则为三个矩阵中对应的位置的值最大的一个。