CMpolt基础绘制snp密度图

文件准备

需要一个数据框
第一列为snp名称
第二列为snp所在的染色体
第三列为snp位点

install.packages("CMplot")
library(CMplot)

df <- read.csv("out_filter.delta.snps_cmplot",header = F,sep = "\t")
head(df)
CMplot(df, plot.type="d",  bin.size=1e6, col=c("darkgreen", "yellow", "red"),
  file="pdf", dpi=400, file.output=TRUE, verbose=TRUE)
# plot.type: 绘图类型，此处为 "d"，表示绘制距离矩阵图
# bin.size: 绘图时基因组距离矩阵的间隔大小，此处为 1e6，表示每隔 1e6 个碱基绘制一个格子
# col: 绘图时不同距离区间的颜色，此处为一个颜色向量，分别表示低、中、高距离区间的颜色
# file: 输出文件的格式，此处为 "pdf"，表示输出为 PDF 格式
# dpi: 输出文件的 DPI（每英寸点数），此处为 400
# file.output: 是否输出文件，此处为 TRUE，表示输出文件
# verbose: 是否显示运行信息，此处为 TRUE，表示显示详细信息