加速癌症治疗策略：揭示p53与MDM2结合动力学的分子机制

本文通过全原子分子动力学（MD）模拟和马尔可夫状态模型（MSM）分析，研究了内在无序蛋白 p53 的反式激活结构域（TAD）与 MDM2 的结合折叠机制，探究了非天然相互作用对结合动力学的影响以及其与天然相互作用的关系。研究发现非天然相互作用与天然相互作用共同稳定中间态，且非天然相互作用强度存在最优值以加速结合动力学，为理解 IDPs 的结合机制提供了新视角

通讯作者信息

• Jingwei Weng：复旦大学化学系、生物医学科学研究所和复杂系统多尺度研究所，研究方向为利用分子动力学模拟和马尔可夫状态模型分析生物分子体系的结构、动力学和功能，如膜通道蛋白的开合机制等。

• Wenning Wang：复旦大学化学系、生物医学科学研究所和复杂系统多尺度研究所，研究方向集中于内在无序蛋白的分子动力学模拟，探索其在生物过程中的作用机制。

• Xin Xu：复旦大学化学系、生物医学科学研究所和复杂系统多尺度研究所，研究方向涉及运用计算方法研究生物分子的结构与功能关系，特别是蛋白质-蛋白质相互作用的机制

要解决的问题

探究非天然相互作用对内在无序蛋白（IDP）与结合伴侣结合动力学的贡献。 明确非天然相互作用与天然相互作用在 IDP 结合过程中的相互作用机制。 揭示 p53 与 MDM2 结合过程中的折叠结合机制，为开发新型癌症治疗策略提供理论依据。

使用的方法

• 分子动力学模拟：从蛋白质数据库获取 p53 - MDM2 复合物结构，选取 p53 的 15 - 29 位残基进行模拟。采用 CHARMM - 36m 力场和 TIP3P 水模型，在 GROMACS 软件中进行模拟，经过能量最小化、NVT 和 NPT 平衡模拟后进行生产运行。

• 马尔可夫状态模型（MSM）分析：将 MD 模拟轨迹转换为 MSM，通过计算转移概率矩阵来描述系统的长期行为。利用隐含时间尺度和驻留测试验证 MSM 模型，以平均 Q 分数和 p53 相对于晶体结构的 RMSD 作为特征对轨迹进行聚类，构建 MSM。

• 数据处理与分析：定义 Q 分数和 RMSD 来描述 p53 与 MDM2 的结合程度和结构差异，根据原子间距离定义疏水和氢键相互作用，区分天然和非天然相互作用。通过结合进度分析（BPA）研究相互作用随结合过程的变化。

主要发现

• 结合过程的中间态： p53 与 MDM2 结合过程遵循诱导契合机制，从新生遭遇复合物（NEC，对应状态 C）到结构良好的遭遇复合物（WSEC，对应状态 B 和 B′），最终形成天然复合物（对应状态 A）。通过二维自由能景观分析得。

• 天然相互作用的形成顺序： p53 与 MDM2 结合时，天然相互作用按顺序形成，N 端的 Phe19 先与 MDM2 形成疏水相互作用，随后中间部分和 C 端区域依次参与，支持对接-聚结模型。

• 非天然相互作用的作用： 非天然相互作用在结合过程的不同阶段发挥作用，与天然相互作用协作稳定中间态。如在 NEC 状态有 Phe19-Leu54 等非天然疏水相互作用，在 WSEC 状态 Leu25-Leu54 和 Leu25-Phe55 等非天然相互作用增强并稳定该状态。

• 非天然相互作用对结合动力学的影响： 非天然相互作用强度对结合动力学有显著影响，如 Leu25-Phe55 和 Leu25-Leu54 等非天然相互作用存在最优强度，增强或减弱都会降低结合速率 kon，原模型中的非天然相互作用强度接近最优值。

数据获取

• MD 参数文件、力场文件和 p53-MDM2 复合物四个主要局部极小值的代表性结构文件（PDB 格式）可从https://github.com/wengjingwei35/p53MDM2获取。

• MSM 分析使用 PyEMMA 和 MSMbuilder，相关软件均可免费下载，PyEMMA 从 http://emma-project.org/ 下载，MSMbuilder 从 http://msmbuilder.org/ 下载。

总结

• 不足之处： 研究使用的 TIP3P 水模型和 CHARMM36m 力场在模拟其他类型系统时可能并非最佳选择，模型的适用性存在局限性。不同系统中，水模型和蛋白质力场的性能高度依赖于系统自身特性，如肽或蛋白质形成 α 螺旋结构的能力等。 研究主要基于模拟和模型分析，缺乏足够的实验数据进行直接验证，结论的普适性需要进一步实验检验。

• 结果意义： 为理解内在无序蛋白的折叠结合机制提供了原子水平的见解，揭示了非天然相互作用在加速结合动力学方面的重要作用，完善了对 IDP 结合过程的认知。 对 p53 与 MDM2 结合机制的深入研究，有助于开发针对 p53-MDM2 相互作用的有效抑制剂，为癌症治疗提供潜在的新策略