收藏！盘点蛋白“活性位点”预测的网页端工具

1. CASTp

• • 功能： 识别蛋白质结构中的口袋（pockets）和活性位点

• • 网址： http://sts.bioe.uic.edu/castp/

• • 特点： ①支持 PDB 结构文件上传；②提供表面积和体积计算；③可视化功能友好

 

2. P2Rank

• • 功能： 通过机器学习预测蛋白质的结合位点（binding pockets）

• • 网址： https://prankweb.cz

• • 特点： ①快速预测；②提供结合概率评分；③可视化展示结合口袋

可参考往期详细推送：

3. COACH

• • 功能： 基于结构的蛋白质配体结合位点预测工具（整合多个算法）

• • 网址： https://zhanggroup.org/COACH/

• • 特点： ①使用I-TASSER结构建模；②综合多个预测算法（COFACTOR、TM-SITE、S-SITE等）

 

4. ConSurf

• • 功能： 通过序列保守性分析预测功能位点（常用于活性位点识别）

• • 网址： https://consurf.tau.ac.il

• • 特点： ①适用于结构已知或未知的蛋白；②保守性评分与结构结合显示；③支持多种输入格式（PDB、FASTA）

  

5. HotSpot Wizard

• • 功能： 结合结构、功能注释和进化信息，预测酶的功能位点和突变热区（hot spots）

• • 网址： https://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard/

• • 特点： ①特别适用于酶工程；②预测催化位点、稳定性影响位点等

 

6. Fpocket

• • 功能： 快速识别蛋白质小分子结合口袋

• • 网址： https://durrantlab.pitt.edu/fpocketweb/

• • 特点： ①可离线安装，也提供web接口；②基于几何学的快速方法

  

离线版可参考往期详细推送：

7. DeepSite

• • 功能： 使用深度学习方法预测蛋白的小分子结合位点

• • 网址： https://open.playmolecule.org/tools/deepsite

• • 特点： ①输入结构即可预测；②使用3D卷积神经网络模型；③特别适合药物靶点研究

 

8. POCASA

• • 功能： 基于蛋白结构网格搜索预测蛋白活性位点

• • 网址： http://g6altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/

• • 特点： ①使用多球体逼近技术；②可计算结合口袋体积和位置

 

9. FTMap

• • 功能： 基于碎片的对接方法识别蛋白质表面的潜在配体结合热点

• • 网址： https://ftmap.bu.edu/serverhelp.php

• • 特点： 广泛应用于药物靶点研究、虚拟筛选、酶口袋识别等领域

 

可参考往期详细推送：