单细胞转录组学应用：骨髓微环境

今天给大家介绍一篇2019年发表在Nature的一篇介绍骨髓微环境的单细胞文章The bone marrow microenvironment at single-cell resolution，解析了单细胞分辨率下的骨髓微环境。

骨髓微环境在调节造血功能方面具有关键作用，但是其分子机制和对压力的反应却尚不明确。作者绘制了在平衡状态下和在应激条件下小鼠骨髓血管、血管周围以及成骨细胞的单细胞图谱。该分析揭示了以前未被认识到的骨髓生态位内的细胞异质性水平，以及原造血生长因子、趋化因子和膜结合配体的细胞来源。

图1：稳定状态下骨髓微环境的scRNA-seq分析

为了可靠地标记骨髓生态位的主要细胞亚群，文章使用了特异性的Cre转基因小鼠并敲入报告基因，对VE-Cad+、LEPR+和COL2.3+细胞进行scRNA-seq (10x Genomics) 研究骨髓生态位群体的转录组多样性，首先证实了Cre表达的相关基因的表达并可以分为3群（图1b）；在过滤后的17,374 细胞中，鉴定了2个内皮细胞亚群、4个血管周围亚群和3个骨系亚群（图1c、1d）。

图2：骨髓微环境中亚群细胞的特异性基因表达

通过进一步的亚群分析，在骨髓血管系统中发现了两个主要的细胞群，Ly6a和Stab2分别在v1和v2中高表达，并通过免疫荧光进行了进一步的证实。在血管周围群体中由于其多系分化潜能和间充质干细胞活性&