MotifStack：多motif序列比较和可视化

最新推荐文章于 2025-02-28 13:23:33 发布

生信宝典

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文章标签：可视化 python 大数据数据可视化 java

原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247529020&idx=2&sn=a2e233952578f9faa360f7a4e2eeaac2&chksm=ec0eb7b6db793ea00aa0ea283748ca42eccb537252f2eb59aa90f2ce9727fa2a1ff3d3ecbeed&scene=126&&sessionid=0

版权

本文介绍使用R包MotifStack绘制转录因子结合位点(Motif)的方法，包括单个Motif、亲和力Motif、堆叠Motif及环形Motif的绘制流程。MotifStack支持多种Motif格式，如JASPAR、MEME等。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

授权转载自 SimonCat。

最近大量跑chip-seq，看到一篇2016Cell的文章《Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape》感觉图3好惊艳。

找了下材料和方法，发现是一个叫MotifStack（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifStack.html）的包画的。

什么是motif？

Motif是在生物学中是一个基于数据的数学统计模型，典型的是一段sequence也可以是一个结构。如转录因子倾向于结合某些特定的序列。把这个R包和数据下载下来自己画一下，它motif的测试数据是pcm格式的文本。MotifStack 还有一些motif格式转换的函数。（Cell重磅综述：关于人类转录因子，你想知道的都在这）

motif的格式是什么？

Chip-seq鉴定出的motif，是一个ATCG的序列矩阵。对于这个字母矩阵，目前主流Motif的序列格式主要有JASPAR\MEME\RAW PFM。此外JASPAR数据库 (http://jaspar.genereg.net/) 提供了转录因子与DNA结合位点motif最全面的公开数据，共收集了脊椎动物、植物、昆虫、线虫、真菌和尾索动物六大类不同类生物的数据（AnimalTFDB 动物转录因子注释和预测的综合资源库）。

1 Single motif log

pcm <- read.table("/Users/zt/learn/软件包/motifStack/test_data/bin_SOLEXA.pcm",header = F)

# 创造Motif对象

pcm <- pcm[,3:ncol(pcm)]

rownames(pcm) <- c("A","C","G","T")

motif <- new("pcm", mat=as.matrix(pcm), name="bin_SOLEXA")

opar<-par(mfrow=c(4,1))

plot(motif)

#plot the logo with same height

plot(motif, ic.scale=FALSE, ylab="probability")

#try a different font

plot(motif, font="mono,Courier")

#try a different font and a different color group

motif@color <- colorset(colorScheme='basepairing')

plot(motif,font="Times")

2 Affinity motif log

需要画出双链。

motif<-matrix(

c(

.846, .631, .593, .000, .000, .000, .434, .410, 1.00, .655, .284, .000, .000, .771, .640, .961,

.625, .679, .773, 1.00, 1.00, .000, .573, .238, .397, 1.00, 1.00, .000, .298, 1.00, 1.00, .996,

1.00, 1.00, 1.00, .228, .000, 1.00, 1.00, .597, .622, .630, .000, 1.00, 1.00, .871, .617, 1.00,

.701, .513, .658, .000, .000, .247, .542, 1.00, .718, .686, .000, .000, .000, .595, .437, .970

), nrow=4, byrow = TRUE)

rownames(motif) <- c("A", "C", "G", "T")

motif<-new("psam", mat=motif, name="affinity logo")

plot(motif)

3 Stacked motif

当要画多个motif以堆积起来，对不同的motif进行距离计算构建进化树。导入的数据文件是单个motif一个pcm文件，通过file.path命令读取整个目录

motifs<-importMatrix(dir(file.path("/Users/zt/learn/软件包/motifStack/test_data"),"pcm$", full.names = TRUE))

motifStack(motifs, layout="stack", ncex=1.0)

# 建立进化树

motifStack(motifs, layout="tree")

4  Circle Motif

4 Circle motif

设置layout的格式，可以设置成环形，有点像circles

motifStack(motifs, layout="radialPhylog",

circle=0.5, cleaves = 0.3,

clabel.leaves = 0.3,

col.bg=rep(color, each=5), col.bg.alpha=0.3,

col.leaves=rep(color, each=5),

col.inner.label.circle=rep(color, each=5),

inner.label.circle.width=0.05,

col.outer.label.circle=rep(color, each=5),

outer.label.circle.width=0.1,

circle.motif=1.2,

angle=350)

原文：https://mp.weixin.qq.com/s/hiXEgwwgtKGxFhMawtg3fQ

MotifStack：多motif序列比较和可视化

2 Affinity motif log

3 Stacked motif

4 Circle motif

R统计和作图

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