利用NCBI的序列号下载所有样本的说明信息

最新推荐文章于 2025-03-19 19:02:33 发布
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分类专栏： 下载数据 文章标签： NCBI
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_35822019/article/details/87993929
版权

例如文章中提到：
来自该研究的所有RNA-seq数据可通过NCBI序列阅读档案（SRA）（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra）下载，登录号为SRR2089755。
进入该网站搜索该序列号，如图
在这里插入图片描述
选中所有样本，点击send to
在这里插入图片描述
点击run selecter，点击go，进入如下页面
在这里插入图片描述
选中所有样本，点击runinfo table就得到所有样本的患病信息

NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记
wangprince2017
12-16 3545
NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记 wxw0607092019-12-25 15:58:471014收藏2 分类专栏：生物信息学 版权 SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina,SOLiD,lonTorrent, Helicos和CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类： stu...
生物信息-学习从NCBI上下载数据
qq_39038245的博客
07-17 4344
赵医生方法： 一、下载基因序列的数据 第一步：打开NCBI官网 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 第二步：输入GSE10846（基因序列的编号）进行查询 点击进入 在该页面上滚动下滑至最底部 点击之后 再点击链接即可下载，得到.txt.gz文件，是压缩包之后解压得到.txt文件。 二、下载平台文件 在上述页面上找到platform平台数据：GPL570 点击后翻到页面的最底部： 点击下载，得到.txt文件。 三、下载临床数据 如下界面上点击"Analyse with GEO2R"
易语言通过序列号取API函数地址
07-22
易语言通过序列号取API函数地址源码,通过序列号取API函数地址,序列号取API,十六到十,十到十六,LoadLibrary,ImageDirectoryEntryToData,GetProcAddress,GetProcAddress_,FreeLibrary,ReadProcessMemory,wvsprintf,GetModuleHandleA,StrToIntEx
NCBI数据库实用教程
最新发布
Karka_的博客
03-19 2343
从时代发展的角度看，网络安全的知识是学不完的，而且以后要学的会更多，同学们要摆正心态，既然选择入门网络安全，就不能仅仅只是入门程度而已，能力越强机会才越多。因为入门学习阶段知识点比较杂，所以我讲得比较笼统，大家如果有不懂的地方可以找我咨询，我保证知无不言言无不尽，需要相关资料也可以找我要，我的网盘里一大堆资料都在吃灰呢。干货主要有：①1000+CTF历届题库（主流和经典的应该都有了）②CTF技术文档（最全中文版）③项目源码（四五十个有趣且经典的练手项目及源码）
biosample_metadata:从NCBI中的生物样品中提取元数据
04-09
biosample_metadata 该工具支持将BioSample元数据提取到用户友好表中。 假设您将提供有效的BioSamples列表并写出表格。 如果提供了现有表，它将用于使用提供或添加的样本集合中存在的其他列来更新该表。 用法 biosample2table [ --in sample_list.txt] [--sample sampleid sampleid2 ...] --out result_table.tsv [--update] 争论 描述 -o /-出 将表写出到该文件（如果该文件已存在），将其解析并重用现有数据，然后添加到该文件中。 将使用文件扩展名（.tab / .tsv或.csv）确定输出格式（如果扩展名不匹配，则默认为制表符分隔的格式）。 如果省略--out ，将写入STDOUT（但是当然将无法使用以前缓存的结果） - 更新 使用现有表获取样本ID，还可
为基因序列片段在NCBI的GenBank数据库申请登录号
HUANWEIFENXI的博客
09-05 1万+
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！ 本文详细地介绍了如何为一个基因序列片段在NCBI的基因数据库GenBank上申请登录号。 微生物领域的研究者或许都有接触过菌的纯化培养，当培养出一个非常符合预期的菌，你一定会迫不及待地想知道这菌是一个什么属或什么种，或许还想为
txt转dump_Chipseq分析3: sra转fq
weixin_39568172的博客
12-10 720
参考生信技能树激活chipseq环境conda activate chipseq准备配置文件点击一个样本，点Allruns选择旧版本，再点击runInfo table下载SraRunTablr.txt重命名为sra.table,用xftp上传的服务器sra目录下查看第一行，把制表符改为换行符，每一列变成每一行， 然后查看行号head -1 sra.table | tr '\t' '\...
从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息
m0_55059521的博客
05-04 1万+
从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息
NCBI站点的一般介绍及其它资源库的介绍.pptx
09-21
NCBI，全称为美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information），是一个提供生物信息学资源的国际知名机构。它的网站是生物科研人员获取和分享数据的重要平台，涵盖了从基因组学到蛋白质...
linux srr 乱码,批量下载SRR数据
weixin_31880471的博客
05-07 885
直接看本文最下面下载脚本，区分SRR长度，下载fq一、prefetch 下载1.　打开NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)，在搜索框输入要查询的编号。2.在搜索结果中勾选你感兴趣的样本，选择右上角Send to – File – Accession List， 点击Create File，下载SraAccList.txt 文件3.下载安装最新版本SRA T...
生物数据库
yhhhygge的博客
04-20 2404
生物数据库之核酸数据库 参考：山东大学生物信息学MOOC（学习笔记） 一、为什么需要生物数据库？ -上图这密密麻麻是啥？ -答对了，就是DNA 事实上，**这是HIV I病毒的整个基因组，包含9752个碱基，编码9个基因。**差不多一页A4纸，正反面打印，就能讲这九千多个碱基记录下来。 当然病毒的基因组很小，与之相比，我们人类的基因组要大得多啦！ 人的基因组有3G bp, 也就是3,0...
根据NCBI中的蛋白名在uniprot中查找对应蛋白登录号及基因名
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qniiqnii的博客
04-14 1万+
根据NCBI中的蛋白名在uniprot中查找对应蛋白登录号及基因名想法来源第一个客户第二位客户代码分享反思 想法来源 首先，我要感谢我从事蛋白质组分析工作中遇到的形（xi）形（qi）色（gu）色（guai）的客户，我还是非常热衷于为客户服务的。最后完成的脚本算是我为了完成客户需求一点点摸索出来的成果。 第一个客户 第一次涉及到这个需求的客户指出，在我们完成蛋白质组结果中（客户指定使用NCBI数据库）没有提供蛋白对应的基因名，需要我们在提供的结果中添加一下对应的基因名。 ？？？ ？？？ 来看看数据库，除了特殊
NCBI数据库以及常用编号
songyi10的博客
10-06 8004
NCBI数据库 在微生物测序分析中，常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多，其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索，也就是序列比对。因此，数据库的优劣对注释结果至关重要。 NR/NT数据库 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列，对于所有已知的或可能的编码序列，NR记录中都给出了相应的氨基酸序列（通过已知或可能的读码框推断而来）以及专门蛋白数据
optionsbuilder.isconfigured 一直为false_做「容量预估」可没有true和false
weixin_39998541的博客
11-30 385
我是一个着迷于产品和运营的技术人，乐于跨界的终身学习者。欢迎关注我哟～每周五早6点 按时送达～我的第「85」篇原创敬上​随着20年来互联网的蓬勃发展，一个软件系统所要面对的访问压力上限被逐渐提高。虽然如此，但是那些体量达到亿级或者是千万级的产品也只是少数公司的专属。对于整个行业里百万+的程序员群体来说，估计也就只有10%人有机会接触到这些“大系统”。所以，一提到容量预估，大家可能第一时间想到的是，...
根据NCBI序列号批量下载fasta文件
Maiya19724的博客
04-12 2866
工作文件： 1.autoget.sh 2.autoget.py 3.orgin_list.txt 第三列包含ncbi登录号 运行autoget.sh autoget.sh #!/bin/bash >list.txt >res.txt cat orgin_list.txt |awk '{print $3}' |sort |uniq>list.txt ##orgin_list.txt第三列为ncbi登录号，可以根据自己的数据修改这一行命令 while [-s list.txt]
NCBI下载整个界面和只下载序列的方法
zs18242304295的博客
01-23 1089
根据要下载的内容，搜索对应的名称（拉丁名）或者编号（比如 NC_018119.1），然后就可以进入到下面的界面，就根据图片的提示下载对应的文件即可。
操作指南之下载数据
dengleize6745的博客
11-07 445
1. 从NCBI的SRA下载数据 (1) 选中要下载的数据，点击send to，format选RunInfo (2) 打开生成的文件SraRunInfo.csv linux下可以使用wget download_path来下载 2. 然而。。也可以用别的办法： 考虑使用R的扩展包SRAdb (1) 安装 如果从源码安装的话，需要这几个包：RSQLite（DBI）...
NCBI数据下载的几种方法
ma1239631998的博客
01-09 1万+
批量下载Genbank中的数据
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