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1. 示例数据都提供吗?
所有代码用到的数据都会提供。
2. 配套视频在哪里?
3. 单细胞预处理
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请教一下大家,最右面这个图,4个样本merge后线粒体基因怎么会这么高呀?各自分别跑的时候都没有这么高诶
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请教大家一个问题,大家质控时,nFeature一般设置多少呀?这群细胞nFeature很低,差异基因很少,cellchat发出和接收的信号都很少,应该在质控时调整cutoff把这群去除嘛?
可以的,你的数据feature中位数应该挺高,可以适当增加阈值。可以设成五、六百。然后在scaledata那一步,试一下回归掉基因数,回归与否都试试。
- 我想问问 在回归的时候 判断某个因素是否需要回归 有没有什么依据可循 我看有的文章回归线粒体 有的回归nfeature
4. cellphonedb的环境配置问题
- 求助一个bash脚本运行问题:我把cellphonedb的环境也搭建好了,我单独在terminal中使用conda activate cellphonedb就可以激活环境,然后用bash 运行sh脚本;但是我想学课程的代码把激活环境的代码也放在sh脚本里,直接bash运行sh,然后就运行不了,不知道是什么原因呀
改成下面这种搭配就行了
这个问题我不知道原因,也遇到几次。按照你第一种做法,把conda改成source,把activate改成绝对路径(在conda安装包的bin下面),我一般这样改能解决问题
- 想请教一下cellphoneDB安装不上是什么原因呀
报错是这样
cellphonedb对版本有点严格。按照官网说明,在子环境中下载特定版本的Python。Python需要3.7左右。
- 请问一下,cellphoneDB占用内存大吗?运行久吗?
5. cellphonedb的标准化问题
请问cellphonedb给的数据里有标准化之前的那个矩阵吗?
“1_cpdb测试”文件夹中没有直接提供原始count矩阵; 如果需要的话,“2_cellchat测试a”文件夹中有seurat对象的rds文件,可以尝试提取出count矩阵。
好的,所以是相当于对seurat的count矩阵进行标准化是吧?
是的
6. cellphonedb中多个亚基的受配体(complex)如何查询具体的基因?
7. 空间转录组绘图
- 请问一下SpatialDimPlot如何修改默认颜色呀?参数cols=修改后画出来还是默认的配色
8. cellchat中igraph的问题
- 请问大家跑cellchat两组比较的代码时,到这几句代码有遇到这个报错的嘛,求问怎么解决的呀?
图中链接(https://blog.csdn.net/x_yAOTU/article/details/124085860)