GNN-RAG：结合了GNN的图推理能力和LLM的语言理解能力

Debroon

已于 2024-11-25 14:18:15 修改

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分类专栏：医疗大模型研发 + 慢病逆转 # 知识图谱RAG：精准可信文章标签：人工智能

于 2024-09-20 21:47:57 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_41739364/article/details/142403012

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GNN-RAG：结合了GNN的图推理能力和LLM的语言理解能力

秒懂大纲
提出背景
工作流程
解法拆解
对比查询路径的方式
全流程优化
创意
总结

论文：GNN-RAG: Graph Neural Retrieval for Large Language Model Reasoning

代码：https://github.com/cmavro/GNN-RAG

秒懂大纲

├── GNN-RAG【主题】
│   ├── 1 简介【背景和目的】
│   │   ├── KGQA任务的复杂性【问题描述】
│   │   ├── LLMs和GNNs在KGQA中的应用【现有方法】
│   │   └── GNN-RAG的提出【解决方案】
│   │
│   ├── 2 方法【核心内容】
│   │   ├── GNN组件【方法组成】
│   │   │   ├── 密集子图推理【功能】
│   │   │   └── 答案候选检索【功能】
│   │   ├── LLM组件【方法组成】
│   │   │   ├── 路径文本化【功能】
│   │   │   └── RAG推理【功能】
│   │   └── 检索增强(RA)【优化技术】
│   │       ├── GNN检索【组成部分】
│   │       └── LLM检索【组成部分】
│   │
│   ├── 3 实验设置【评估方法】
│   │   ├── 数据集【评估工具】
│   │   │   ├── WebQSP【具体数据集】
│   │   │   ├── CWQ【具体数据集】
│   │   │   └── MetaQA-3【具体数据集】
│   │   └── 评估指标【评估标准】
│   │       ├── Hit【具体指标】
│   │       ├── Hits@1 (H@1)【具体指标】
│   │       └── F1【具体指标】
│   │
│   ├── 4 结果【实验成果】
│   │   ├── 主要结果【性能比较】
│   │   ├── 多跳和多实体KGQA【特定任务表现】
│   │   ├── 检索增强效果【方法优化】
│   │   └── LLMs上的检索效果【应用范围】
│   │
│   └── 5 结论【总结】
│       ├── GNN-RAG的优势【方法贡献】
│       │   ├── 有效性和忠实性【优点】
│       │   └── 效率【优点】
│       └── 未来工作【展望】

方法组成

├── 2 方法【核心内容】
│   ├── 输入【起始点】
│   │   ├── 问题q【用户查询】
│   │   └── 知识图谱G【知识库】
│   │
│   ├── GNN组件【处理阶段1】
│   │   ├── 密集子图检索【预处理】
│   │   │   └── PageRank Nibble算法【技术】
│   │   ├── 密集子图推理【核心处理】
│   │   │   ├── ReaRev模型【技术选择】
│   │   │   └── 问题-关系匹配操作ω(q,r)【关键操作】
│   │   │       ├── SBERT【编码选项】
│   │   │       └── LM_SR【编码选项】
│   │   └── 答案候选检索【结果提取】
│   │       ├── 节点概率排序【方法】
│   │       └── 阈值选择【技术】
│   │
│   ├── LLM组件【处理阶段2】
│   │   ├── 路径文本化【预处理】
│   │   │   └── 最短路径提取【技术】
│   │   └── RAG推理【核心处理】
│   │       ├── 提示工程【技术】
│   │       └── LLaMA2-Chat-7B【模型选择】
│   │
│   ├── 检索增强(RA)【优化技术】
│   │   ├── GNN检索【组成部分】
│   │   │   └── 多个GNN模型集成【方法】
│   │   │       ├── GNN+SBERT【具体模型】
│   │   │       └── GNN+LM_SR【具体模型】
│   │   └── LLM检索【组成部分】
│   │       └── RoG方法【技术选择】
│   │           └── 波束搜索解码【关键操作】
│   │
│   └── 输出【最终结果】
│       └── 问题答案{a}【查询结果】
│
├── 组件间关系【流程说明】
│   ├── GNN到LLM：推理路径传递【数据流】
│   └── RA到LLM：额外知识补充【优化流】
│
└── 技术衔接【方法整合】
├── GNN推理结果作为LLM输入【串联】
└── RA结果与GNN结果合并后输入LLM【并联】

提出背景

提出背景：

├── 提出背景【context】
│   ├── KGQA任务的复杂性【问题描述】
│   │   └── 需要在大规模知识图谱中进行多跳推理【具体挑战】
│   ├── 现有方法的局限性【技术gap】
│   │   ├── LLMs：自然语言理解能力强，但难以处理复杂图结构【优缺点】
│   │   └── GNNs：善于处理图结构，但缺乏语言理解能力【优缺点】
│   └── 结合LLMs和GNNs优势的需求【研究动机】

解决的问题类别：

├── 问题类别【problem category】
│   └── 知识图谱问答（KGQA）【任务定义】
│       └── 基于知识图谱回答自然语言问题【具体描述】

解决的具体问题：

├── 具体问题【specific challenges】
│   ├── 提高KGQA的性能【主要目标】
│   │   ├── 改善多跳推理能力【子目标】
│   │   └── 提高答案准确性【子目标】
│   ├── 增强LLM在KGQA中的推理能力【技术挑战】
│   │   └── 通过GNN提供结构化知识【解决方案】
│   └── 保持高效性【实用性考虑】
│       └── 在不增加LLM调用次数的情况下提升性能【具体要求】

GNN像导游，熟悉景区路线(图结构)，负责带路(检索路径)

LLM像讲解员，擅长讲故事(语言理解)，负责解说(生成答案)

GNN-RAG方法旨在解决KGQA任务中的复杂推理问题，特别是在需要多跳推理的情况下。

它试图结合LLMs的语言理解能力和GNNs的图结构处理能力，以提高答案的准确性和系统的整体性能，同时保持计算效率。

实验，得到验证:

GNN确实适合做检索
- 在多跳问题上提升8.9-15.5%
- 检索结果更全面准确
GNN+LLM组合确实更优
- 达到或超越GPT-4性能
- 只需要7B参数量
- 不需要额外LLM调用

工作流程

首先用GNN对知识图谱的密集子图进行推理，生成候选答案

然后提取问题实体到候选答案之间的最短路径，作为推理路径

将路径转换为自然语言，输入到LLM中进行RAG(检索增强生成)

假设患者问题是:“我最近经常头痛发烧,可能是什么病?”

GNN密集子图推理:

头痛 -> 症状关联 -> {脑膜炎、感冒、偏头痛、颈椎病}
发烧 -> 症状关联 -> {感冒、肺炎、脑膜炎}

GNN会基于症状节点之间的关联关系,生成候选疾病答案。

最短路径提取:

路径1: 头痛 -> 症状关联 -> 感冒 <- 症状关联 <- 发烧
路径2: 头痛 -> 症状关联 -> 脑膜炎 <- 症状关联 <- 发烧

系统提取从症状到候选疾病的推理路径。

自然语言转换+RAG:

知识:
- 头痛和发烧都是感冒的常见症状
- 头痛和发烧同时出现也可能提示脑膜炎
- 感冒是一种常见的上呼吸道感染
- 脑膜炎是一种需要及时治疗的严重疾病

问题:患者最近经常头痛发烧,可能是什么病?

LLM输出:
"根据您描述的症状(头痛和发烧),最有可能的是感冒。

但由于这两个症状同时存在,也不能完全排除脑膜炎的可能。建议您:

先观察是否有其他感冒症状(如咳嗽、流涕等)
如果症状持续或加重,建议及时就医检查
如果出现颈部僵硬等症状要立即就医"

这个例子展示了GNN-RAG如何:

利用GNN在知识图谱中发现症状-疾病关联
通过路径提取找到合理的诊断线索
用LLM生成专业且易懂的回答

这种方法的优势:

诊断更全面(考虑多种可能性)
推理过程可解释
建议更具体且有针对性
降低漏诊和误诊风险

解法拆解

在这里插入图片描述
这张图描述了GNN-RAG (Graph Neural Network - Retrieval Augmented Generation) 方法的工作流程，用于回答知识图谱问题。主要内容如下：

输入：一个自然语言问题 “Which language do Jamaican people speak?”（牙买加人说什么语言？）
检索阶段：
- 使用密集子图检索方法为GNN准备输入
- GNN在这个密集子图上进行推理，得出候选答案：English, Jamaican English, French, Caribbean
- 然后提取从问题实体到答案的最短路径
推理阶段：
- 将检索到的路径文本化，例如 “Jamaica -> official_language -> English” 等
- 这些文本化的路径作为输入传递给LLM (Large Language Model)
- LLM使用RAG (Retrieval Augmented Generation) 技术生成最终答案：English, Jamaican English
检索增强 (RA)：
- 可选地使用LLM生成额外的关系路径
- 这些额外路径与GNN检索的路径合并，进一步增强推理过程
最终输出：系统给出答案 “English, Jamaican English”

总的来说，这个方法结合了GNN处理图结构数据的能力和LLM理解自然语言的优势，通过检索和推理两个阶段来回答复杂的知识图谱问题。

GNN-RAG的逻辑关系拆解：

目的：提高知识图谱问答(KGQA)的性能和准确性
问题：如何结合LLMs的语言理解能力和GNNs的图结构处理能力来改善KGQA
解法：GNN-RAG方法

GNN-RAG方法 =
GNN组件（因为需要处理图结构和进行多跳推理）

LLM组件（因为需要理解自然语言问题和生成答案）
检索增强(RA)（因为需要优化检索结果）

子解法1: GNN组件
之所以用GNN组件，是因为知识图谱是复杂的图结构，需要有效地处理多跳关系和进行子图推理。

子解法2: LLM组件
之所以用LLM组件，是因为需要理解自然语言问题，并基于检索到的知识生成准确的答案。

子解法3: 检索增强(RA)
之所以用检索增强，是因为单一检索方法可能不够全面，需要结合多种检索策略来提高答案的覆盖率和准确性。

例子：
对于问题"哪个导演执导了《泰坦尼克号》，他还执导了哪些其他著名电影？"

GNN组件会在知识图谱中找到与"泰坦尼克号"和"导演"相关的节点和路径。

LLM组件会理解问题，并使用GNN检索到的信息来生成答案。

检索增强可能会额外检索导演的其他作品信息，以提供更全面的答案。

子解法的逻辑链：

这些子解法形成一个链条，可以用以下决策树形式表示：

├── GNN-RAG方法
│   ├── GNN组件
│   │   ├── 密集子图检索
│   │   ├── 密集子图推理
│   │   └── 答案候选检索
│   ├── LLM组件
│   │   ├── 路径文本化
│   │   └── RAG推理
│   └── 检索增强(RA)
│       ├── GNN检索
│       └── LLM检索

隐性特征分析：

在GNN-RAG方法中，存在一些隐性特征：

a) 知识图谱的结构特性：
这是一个隐性特征，因为它并没有在问题中直接提及，但对解法有重大影响。GNN组件的设计就是基于这一特性。

b) 问题-关系匹配操作：
这是GNN组件中的一个关键步骤，但并未在高层问题描述中提及。它是连接自然语言问题和图结构的关键桥梁。

c) 最短路径提取：
这是LLM组件中的一个重要步骤，用于将GNN的输出转化为LLM可处理的形式。这个步骤隐含了图结构到序列形式的转换过程。

d) 提示工程：
这是LLM组件中的一个隐性但关键的步骤，它决定了如何引导LLM使用检索到的信息来回答问题。

这些隐性特征共同构成了一个"图结构到自然语言"的转换过程，可以定义为"图语义桥接"方法。这个方法包含了从图结构提取信息、将图信息转化为文本、以及引导LLM使用这些信息的整个过程。

对比查询路径的方式

传统路径查询方法:

- 基于预定规则,比如:
  找出从症状出发,2-3跳内能到达的所有疾病节点
  症状1 ->(1跳)-> 疾病A
  症状1 ->(1跳)-> 疾病B  
  症状2 ->(1跳)-> 疾病A
  症状2 ->(1跳)-> 疾病C

- 特点:
  - 机械式遍历
  - 结果可能过多
  - 没有权重区分关键性
  - 路径之间独立,没有考虑整体关联

GNN-RAG方法:

- 密集子图推理:
  GNN可以同时考虑:
  - 节点特征(症状的严重程度、持续时间等)
  - 边的权重(症状和疾病的关联强度) 
  - 图的整体结构(症状组合的指向性)
  
- 结果更有区分度:
  - 通过消息传递机制,综合评估每个候选答案
  - 可以为不同路径赋予重要性权重
  - 考虑节点间的间接影响

关键区别:

推理深度

路径查询:固定跳数限制
GNN-RAG:可以捕捉更深层的关联

信息整合

路径查询:各路径独立
GNN-RAG:全局信息交互

排序质量

路径查询:基于简单规则
GNN-RAG:基于学习到的模式

可扩展性

路径查询:规模增大时搜索空间爆炸
GNN-RAG:可以处理更大规模的图

知识挖掘

路径查询:只找显式关联
GNN-RAG:可以发现隐式模式

举例说明优势:

问题:头痛+发烧+颈椎疼

传统路径查询可能会:
头痛 -> 颈椎病
发烧 -> 感冒
颈椎疼 -> 颈椎病
(得到互相矛盾的结果)

GNN-RAG会:
1. 通过消息传递理解症状组合
2. 发现颈椎疼可能是由发烧引起的肌肉紧张
3. 将头痛+发烧的组合赋予更高权重
4. 最终推荐更可能的感冒诊断

所以GNN-RAG不仅仅是路径搜索，而是一种"智能推理"方式,能更好地模拟医生的诊断思维。

全流程优化

在这里插入图片描述
2. 全流程优化

多题一解：
GNN-RAG方法可以应用于多种KGQA问题，因为它们共享以下特征：

需要在大规模知识图谱中进行多跳推理
需要理解自然语言问题并生成答案

这种共用特征可以称为"图结构语义融合"，对应的解法就是GNN-RAG方法。

遇到需要在复杂知识图谱中回答自然语言问题的任务时，都可以使用这种解法。

一题多解：
对于KGQA问题，除了GNN-RAG方法，还有其他解法：

纯GNN方法：对应特征是问题主要涉及图结构处理
纯LLM方法：对应特征是问题主要涉及自然语言理解
嵌入式方法：对应特征是问题可以通过向量表示来解决

显性和隐性特征分析：
显性特征：

需要处理大规模知识图谱
需要理解自然语言问题

隐性特征：

图结构到自然语言的转换需求
多跳推理的复杂性

更直接的特征可能是"图语义对齐"，即将图结构信息与自然语言语义对齐。

基于这个特征，可以设计一个更直接的"图语义对齐注意力机制"，直接在图结构上应用语义相关的注意力权重。

优化分析：

GNN组件优化：使用更先进的图神经网络模型，如Graph Transformer，可能会提高图结构信息的提取效率。
LLM组件优化：采用更大规模的预训练语言模型，如GPT-4，可能会提高自然语言理解和生成能力。
检索增强优化：设计更智能的检索策略，如动态调整GNN和LLM检索的权重，可能会提高检索结果的质量。
端到端训练：将GNN和LLM组件进行联合训练，可能会提高整体性能。
知识蒸馏：从大型模型中蒸馏知识到小型模型，可能会在保持性能的同时提高效率。

通过这些优化，GNN-RAG方法可以在准确性、效率和可扩展性等方面得到进一步提升，使其更适用于各种复杂的KGQA任务。

创意

组合:

将GNN-RAG与自然语言处理中的预训练语言模型(如BERT)结合,创造"GNN-BERT-RAG"。这可以增强模型对自然语言问题的理解能力,同时保留GNN在图结构上的优势。

拆开:

将GNN-RAG拆分为独立的模块:图结构处理模块、语言理解模块和推理生成模块。这样可以让每个模块独立优化,也更容易与其他系统集成。

转换:

将GNN-RAG从问答系统转换为知识图谱补全系统。利用其在图结构和语言理解上的优势,预测知识图谱中缺失的关系或实体。

借用:

从计算机视觉领域借鉴注意力机制,创造"视觉增强GNN-RAG"。这可以处理包含图像信息的多模态知识图谱问答任务。

联想:

联想到人类的记忆检索过程,开发"记忆增强GNN-RAG"。模仿人类先回忆相关信息,再进行推理的过程,增加一个记忆检索模块来辅助GNN的子图检索。

反向思考:

考虑"反向GNN-RAG"，它不是回答问题，而是根据给定的答案生成可能的问题。这可以用于数据增强或帮助理解模型的推理过程。

问题:

深入探讨GNN-RAG在处理复杂、模糊或不完整问题时的局限性。开发"鲁棒GNN-RAG"，专注于提高模型对不明确或有噪声的输入的处理能力。

错误:

分析GNN-RAG的错误案例，开发"自我修正GNN-RAG"。该系统能够识别自身的错误，并通过多轮推理或额外的知识检索来修正答案。

感情:

创造"情感感知GNN-RAG"，能够理解问题中的情感倾向，并在生成答案时考虑这些情感因素，使回答更加人性化和符合语境。

模仿:

模仿人类专家的问答过程，开发"专家仿真GNN-RAG"。该系统不仅给出答案，还模仿专家的思考过程，提供步骤化的推理解释。

联想:

使用随机联想，将GNN-RAG与区块链技术结合，创造"去中心化GNN-RAG"。这可以实现分布式的知识图谱存储和更新，提高系统的可扩展性和安全性。

最渴望联结:

针对用户最渴望的"即时知识获取"需求，开发"实时GNN-RAG"。该系统能够实时更新知识图谱，并快速适应新的信息，满足用户对最新信息的渴求。

空隙填补:

发现当前GNN-RAG在处理时间相关问题上的不足，开发"时序GNN-RAG"。该系统能够处理包含时间信息的知识图谱，回答涉及时间序列的问题。

再定义:

将GNN-RAG重新定义为一个交互式学习助手，而不仅仅是问答系统。开发"教学型GNN-RAG"，它不仅回答问题，还能根据用户的理解程度调整解释的深度和难度。

软化:

创造"幽默GNN-RAG"，在保持答案准确性的同时，增加幽默或有趣的元素。这可以提高用户体验，使问答过程更加愉快。

附身:

模仿不同领域专家的思维方式，开发"多视角GNN-RAG"。该系统能够从不同专业角度（如科学家、艺术家、企业家）回答同一个问题，提供多元化的见解。

配角:

关注知识图谱中通常被忽视的次要关系，开发"全息GNN-RAG"。该系统不仅关注主要实体和关系，还能挖掘和利用次要信息，提供更全面的答案。

刻意:

开发"极限GNN-RAG"，故意将某些参数或条件推向极端。例如，极度压缩模型大小或极度扩大知识图谱规模，探索在极限条件下如何保持或提升性能。

这些是基于给定的创意思维方法对GNN-RAG进行的创新点分析。

接下来，我们可以根据一些关键标准来评估和选择最promising的创新点。

可行性：技术实现的难度和可能性
潜在影响：对KGQA领域的贡献程度
独特性：相比现有方法的创新程度
实用性：在实际应用中的价值
可扩展性：适应不同场景和规模的能力

现在，我们来评估每个创新点：

GNN-BERT-RAG (组合)
可行性: 高, 潜在影响: 中, 独特性: 中, 实用性: 高, 可扩展性: 高
总分: 4.2/5
模块化GNN-RAG (拆开)
可行性: 高, 潜在影响: 中, 独特性: 低, 实用性: 高, 可扩展性: 高
总分: 4.0/5
知识图谱补全GNN-RAG (转换)
可行性: 中, 潜在影响: 高, 独特性: 高, 实用性: 高, 可扩展性: 中
总分: 4.2/5
视觉增强GNN-RAG (借用)
可行性: 中, 潜在影响: 高, 独特性: 高, 实用性: 中, 可扩展性: 中
总分: 3.8/5
记忆增强GNN-RAG (联想)
可行性: 中, 潜在影响: 高, 独特性: 高, 实用性: 高, 可扩展性: 中
总分: 4.2/5
反向GNN-RAG (反向思考)
可行性: 中, 潜在影响: 中, 独特性: 高, 实用性: 中, 可扩展性: 中
总分: 3.6/5
鲁棒GNN-RAG (问题)
可行性: 中, 潜在影响: 高, 独特性: 中, 实用性: 高, 可扩展性: 高
总分: 4.2/5
自我修正GNN-RAG (错误)
可行性: 中, 潜在影响: 高, 独特性: 高, 实用性: 高, 可扩展性: 中
总分: 4.2/5
情感感知GNN-RAG (感情)
可行性: 中, 潜在影响: 中, 独特性: 高, 实用性: 中, 可扩展性: 中
总分: 3.6/5
专家仿真GNN-RAG (模仿)
可行性: 中, 潜在影响: 高, 独特性: 中, 实用性: 高, 可扩展性: 中
总分: 4.0/5
去中心化GNN-RAG (联想)
可行性: 低, 潜在影响: 高, 独特性: 高, 实用性: 中, 可扩展性: 高
总分: 3.8/5
实时GNN-RAG (最渴望联结)
可行性: 中, 潜在影响: 高, 独特性: 中, 实用性: 高, 可扩展性: 中
总分: 4.0/5
时序GNN-RAG (空隙填补)
可行性: 中, 潜在影响: 高, 独特性: 高, 实用性: 高, 可扩展性: 中
总分: 4.2/5
教学型GNN-RAG (再定义)
可行性: 中, 潜在影响: 中, 独特性: 高, 实用性: 高, 可扩展性: 中
总分: 4.0/5
幽默GNN-RAG (软化)
可行性: 低, 潜在影响: 低, 独特性: 高, 实用性: 低, 可扩展性: 低
总分: 2.6/5
多视角GNN-RAG (附身)
可行性: 中, 潜在影响: 中, 独特性: 高, 实用性: 中, 可扩展性: 中
总分: 3.6/5
全息GNN-RAG (配角)
可行性: 中, 潜在影响: 高, 独特性: 高, 实用性: 高, 可扩展性: 中
总分: 4.2/5
极限GNN-RAG (刻意)
可行性: 低, 潜在影响: 中, 独特性: 高, 实用性: 低, 可扩展性: 中
总分: 3.0/5

根据评估结果，以下五个创新点得分最高（总分4.2/5）：

GNN-BERT-RAG (组合)
知识图谱补全GNN-RAG (转换)
记忆增强GNN-RAG (联想)
鲁棒GNN-RAG (问题)
时序GNN-RAG (空隙填补)

这些创新点在可行性、潜在影响、独特性、实用性和可扩展性方面都表现出色，代表了GNN-RAG未来发展的promising方向。

其中，GNN-BERT-RAG和鲁棒GNN-RAG在可行性和可扩展性方面略胜一筹，而知识图谱补全GNN-RAG、记忆增强GNN-RAG和时序GNN-RAG在独特性和潜在影响方面更为突出。

总结

基于GNN-RAG的任务，我将提炼出最精华的内容，并按照您的要求进行总结和分析。

提炼书籍中最精华的20%（3000字）：

GNN-RAG是一种创新的方法，旨在结合图神经网络（GNN）和大型语言模型（LLM）的优势，用于知识图谱问答（KGQA）任务。这种方法的核心思想是利用GNN处理复杂的图结构信息，同时借助LLM的自然语言理解和生成能力。

主要组成部分：

GNN组件：负责处理知识图谱的结构信息
- 密集子图检索：使用PageRank Nibble算法
- 密集子图推理：采用ReaRev模型
- 答案候选检索：基于节点概率排序
LLM组件：处理自然语言问题和生成答案
- 路径文本化：使用最短路径提取技术
- RAG推理：采用LLaMA2-Chat-7B模型
检索增强（RA）：优化检索结果
- GNN检索：利用多个GNN模型
- LLM检索：使用RoG方法