fdr校正R实现

1.利用p.adjust函数

data<-c(0.05,0.90,0.89……)

p.adjust(data,method="fdr,n=length(data))

这里data大小应该给从小到大排列，否则校正出的p值有很多相同的值

解决这一问题的办法是利用R的软件包，即第二种方法

2.install.packages("fdrtool")

data<-c(0.05,0.90,0.89……)

fdr=fdrtool(data,statistic="pvalue")
fdr$qval # estimated Fdr values
fdr$lfdr#estimated local fdr

3.qvalue包

library(qvalue)
data(hedenfalk)
pvalues <- hedenfalk$p
qobj <- qvalue(p = pvalues)

qvalues <- qobj$qvalues #estimates of the q-values and
pi0 <- qobj$pi0 #the proportion of true null hypotheses π0
lfdr <- qobj$lfdr #the local false discovery rates 

summary(qobj)
hist(qobj)
plot(qobj)