单细胞RNA速率（一）| cellDancer

最新推荐文章于 2024-07-13 21:18:24 发布
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cellDancer：一种基于模型的深度神经网络（DNN）框架

已知：mRNA的转录动力学由转录速率（α）、剪接速率（β）和降解速率（γ）决定，未剪接和剪接mRNA之间的平衡可以预测细胞状态。

1. cellDancer使用DNN预测每个细胞特定的α，β和γ；

2. cellDancer DNN的关键步骤是定义一个损失函数，并根据每个细胞预测的未来剪接和未剪接mRNA与观察到的邻域细胞之间的相似性来训练DNN；

3. 以单细胞分辨率推断α、β和γ，而不是现有方法（Velocyto、scVelo等）中使用的批量速率。

参考文献：Nature Biotechnology, 2023, 10.1038/s41587-023-01728-5.

可爱的一只帆
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08-20 3010
单细胞转录组确实是利器，但我们大多只利用了表达的信息，而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章，讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto-notebooks RNA velocity of single cells   首先需要了解一些基本概念： RNA velocity：t...
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05-29
SAVER（通过表达恢复进行单细胞分析）实施正则化回归预测和经验贝叶斯方法，以在嘈杂和稀疏的单细胞 RNA-seq 数据中恢复真实的基因表达谱。 安装 您可以通过运行以下命令从 CRAN 安装 SAVER： install.packages( ...
单细胞 | RNA速率 · cellDancer
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cellDancer 的输入数据包含‘gene_name’, ‘unsplice’, ‘splice’ ,‘cellID’ ,‘clusters’ ,‘embedding1’, and ‘embedding2.’。可视化5：展示预测动力学速率（转录α、剪接β和降解速率γ）、剪接 mRNA 丰度和未剪接 mRNA 丰度。3.估计样本的RNA速率：与scVelo不同的是，cellDancer是对。可视化4：显示剪接 RNA 沿伪时间的丰度。可视化2：每个基因的速率分析图。4.可视化1：RNA速率。
单细胞RNA速率（RNA velocity）
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01-02 2232
是单个细胞状态的有力指标。单细胞 RNA 测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示 RNA 丰度。然而，这种方法，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。在这里，我们表明，RNA 速度（RNA velocity）（）可以通过。RNA 速度是一种高维向量，可以预测单个细胞在数小时的时间尺度上的未来状态。我们验证了其在神经嵴谱系中的准确性，展示了其在多个已发表的数据集和技术平台上的使用，揭示了发育中的小鼠海马体的分支谱系树，并检查了人类胚胎大脑中的转录动力学。我们预计，特别是在人类中。
单细胞 | RNA速率 · scVelo
生信练习生
02-16 647
1.准备数据：从seurat对象中提取metadata（R中运行）2.运行RNA速率并可视化。
单细胞RNA速率分析(1):上游分析获得Spliced/unspliced矩阵
qq_42090739的博客
05-09 1229
准备分析文件：1、参考基因组（10X官网下载，对应于你跑cellranger时候的版本，注意物种，这里的示例是人的），当然了，如果你自己 跑了cellranger流程，这个文件肯定下载了，也知道它的路径。对于10x的cellranger，在outs文件夹里面已经生成了这样的文件，也就是说，你只需要这个bam就可以分析了，不 需要上述的所有文件。做完这些，对于RNA速率分析来讲，就算是完成一半的工作了，前面的分析倒是不难，就是比较耗费时间和耗费内存！
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03-30 1104
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qq_42090739的博客
05-09 1816
*R语言版本的RNA速率分析是有专门的R包，不过在文献中的出现率不如python高，但还是有文献在用。它在速率分 析和评估上的分析没有问题，结果可以结合其他的拟时工具进行解读。RNA速率分析使用的R包是velocyto.R，但是这个包只适用于linux下的R，windows环境下的R安装会失败，当然也有解决办法，自行百度。如果你用的服务器那就不会担心这个问题了，在服务器的R上正常安装即可。不过我们后面python版本的RNA速率分析也是有新的内容，不仅解决RNA速率问题，还有其他的。
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05-05 1487
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值得注意的是,虽然Lalapodo提供了丰富的学习资源,但学习效果最终还是取决于个人的努力和实践。建议将Lalapodo作为学习AWS的重要补充,同时结合其他学习方法,如官方文档学习、实际项目实践等,以达到最佳的学习效果。Lalapodo平台通过结合全面的课程内容、实战项目、高效的题库系统和个性化学习体验,为AWS学习者提供了一个一站式的学习解决方案。Lalapodo是一个专注于AWS学习和认证考试准备的在线平台,提供全面的学习资源和工具。提供学习进度跟踪和数据分析,帮助学员了解自己的强项和弱项。
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