ChIP 染色质免疫共沉淀

ChIP 染色质免疫共沉淀

1.ChIP的概念和原理

定位与基因组内特定区域结合蛋白质的技术，ChIP有助于研究人员检测表观遗传学调控因子与DNA在自然条件下的相互作用。

ChIP(染色质免疫共沉淀) 的核心原理是利用一种靶向目标蛋白的抗体，下拉与之结合的DNA区域。使用目标蛋白（如转录因子）的特异性抗体，选择性地富集染色体组分。富集目的蛋白后，可以使用下拉技术分离和蛋白相互作用的DNA区域，对下拉DNA进行测序ChIP-seq，或者将其用于qPCR(ChIP-PCR),以确定目的蛋白在基因组中的结合位点

2.ChIP的应用

1. 染色质修饰
2. 解析染色质与其相关因子相互作用的时空动态
3. ChIP通常被用于检测整个基因组中组蛋白修饰或DNA结合蛋白（如转录因子）与基因组的结合模式
4. 组蛋白修饰

组蛋白修饰：从核小体核心伸出的组蛋白尾巴可以被靶向修饰，不同的修饰会对染色质构象和基因表达产生不同的影响。因此普遍做法是：在修饰相关的研究时应用ChIP技术，获得目的基因周围染色质景观。某些组蛋白修饰还与不同的基因调控区域如增强子或启动子相关。

3.实验方案

ChIP 实验分步流程，其中：1 - 交联；2 - 染色质片段化；3 - 免疫沉淀；4 - DNA 回收和纯化；5 - DNA 分析

4.数据分析

• 4.1 数据分析：qPCR、ChIP-on-chip及ChIP-seq
  下拉的DNA片段完成免疫沉淀和纯化后，可以采用不同的方法进行分析，包括qPCR ChIP-on-chip 及ChIP-seq

• 4.2 ChIP-seq：质量检查
  FastQC软件对测序读段进行质量检查（QC), 所需要：FastQC 及测序数据.fastq文件

• 4.3 ChIP-seq：定位
  Galaxy:Bowtie read aligner 将测序读段定位到参考基因组上

• 4.4 ChIP-seq 峰值调用
  采用Galaxy软件进行峰值调用，使用Galaxy内置的MACS峰值调用功能生成几种文件类型，可以使用这些文件类型进行进一步数据分析，包括在基因组浏览器上可视化数据。

• 4.5 ChIP-seq：基因组浏览器
  使用上一步生成的.wig文件，在基因组浏览器上可视化ChIP峰值。

• 4.6 ChIP-seq:基序
  序列基序（motif）是在整个基因组发现的DNA短序列，通常在基因表达的调控方面发挥一定的作用。例如：一些基序与某些转录因子结合有关，可以使用MEME-CHIP程序，了解我们的ChIP峰值是否与任何序列基序一致。