Chip-seq是一种结合染色质免疫共沉淀和高通量测序的技术，用于研究DNA与蛋白质的相互作用。通过选择特异性抗体捕获DNA片段并进行测序，可以全基因组范围内分析转录因子和组蛋白修饰的结合位点。实验关键在于抗体的选择，数据分析则涉及峰（peak）检测和注释，以确定功能区域和调控基因。此外，还可进行motif分析和比较不同条件下的DNA结合差异。
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染色质免疫共沉定技术，可以研究生物体内DNA与蛋白质的相互作用，首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体，然后用蛋白特异性的抗体，通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体，然后洗脱蛋白质，得到与目的蛋白结合的DNA片段，将富集到的DNA片段进行上机测序，即形成了一套成熟的分析流程，称之为chip-seq, 就是将传统的chip技术和高通量测序结合起来，对应的英文如下
Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing
Chip-seq技术依托于测序技术的高通量和生信分析的发展，可以在全基因组范围内分析DNA与蛋白质的相互作用，目前常用于研究转录因子，各种组蛋白修饰在基因组上的结合位点，和依托芯片的Chip-chip技术相比，chip-seq实验周期更短，更加高效，覆盖的基因组范围也更加广泛。随着测序价格的降低，chip-seq成为研究基因调控，表观修饰的利器之一。
实验流程如下所示
在整个实验流程中，核心的地方就是根据研究对象选取特异性的抗体，抗体的特异性和敏感性越高，对应DNA序列的富集效果越好，越容易检测出结合的区域。
对于chip-seq的数据分析，核心是检测富集到的DNA在基因组上的位置称之为peak, 分析的示意图如下
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