star 序列比对2020-12-25

最新推荐文章于 2024-03-24 09:58:20 发布
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mkdir -p arab_STAR_genome        #存储索引文件用

cd  rnaseq/ 

STAR --runThreadN 10 --runMode genomeGenerate \    
--genomeDir arab_STAR_genome \
--genomeFastaFiles 00ref/TAIR10_Chr.all.fasta \
--sjdbGTFfile 00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf \
--sjdbOverhang 149

科研小白--Day3序列比对
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RNA-seq流程学习笔记（7）-使用Hisat2进行序列比对
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「RNA-seq分析软件」RNA-seq比对工具STAR学习笔记
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STAR 软件安装 软件的GitHub地址为https://github.com/alexdobin/STAR, 下载页面为https://github.com/alexdobin/STAR/releases, 挑最新的下载，避免bug。 软件使用 STAR的主程序只有两个:STAR和STARlong。前者用于比对RNA-seq数据，后者是针对于长读长RNA数据。由于同一个程序，又...
Linux系统下RNA-seq分析（2.STAR比对和cufflinks拼接）
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提示：这里对文章进行总结：例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）
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探索STAR：高效准确的RNA-seq比对神器
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探索STAR：高效准确的RNA-seq比对神器 STAR RNA-seq aligner 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/st/STAR 是一个开源的生物信息学工具，...
序列比对(十三)——后验解码
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基于模拟退火和星形比对的共有序列搜索的多序列比对算法
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生物信息学中的序列比对是通过比对基因序列以确定基因家族的特征。所谓共有序列搜索，是指在进行多序列比对之前，首先通过某种算法找到一个共有序列，进而使得整个序列比对的过程变得更加简单。共有序列能够将高度...
番茄斑萎病毒属ssRNA-M序列比对分析 (2009年)
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该研究利用DNAstar、DNAman等软件对其RNA-M编码G1G2蛋白和NSm非结构蛋白的核酸和蛋白质序列进行分析,发现Tospovirus属病毒的G1G2蛋白和NSm非结构蛋白序列的长度和GC含量在不同病毒种间变异不大,同时得出序列比对图和...
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关于转录组比对STAR软件使用
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参考文章：http://weibo.com/p/23041883f77c940102vbkd?sudaref=passport.weibo.com 软件连接：https://github.com/alexdobin/STAR/ 因为不连续的转录本结构，相对短的片段长度，和测序技术持续增加的通量，高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受...
转录组数据分析（2）——基因组比对STAR
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一、需要下载的软件 fastqc、multiqc、star GitHub上STAR的网站：https://github.com/alexdobin/STAR STAR 我下的软件是2.6.1a版本的，自己根据需要下载合适的版本。 wget -c https://github.com/alexdobin/STAR/archive/refs/tags/2.6.1a.tar.gz tar -xzvf 2.6.1a.tar.gz#解压 chmod -R 755 STAR-2.6.1a#给执行权限
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qq_27390023的博客
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常用转录组数据的比对工具有Tophat2、Hisat2和STAR。不同的工具有各自的优势，目前比较流行的工具是Hisat2和STAR，它俩的比对速度都比较快，STAR的uniquely mapping reads比例较高。 1. 安装 编译按装https://github.com/alexdobin/STAR/ conda install star 2. 建立索引 STAR -h # 获取帮助 index_dir="/home/ref/star_index" thread=50 geno..
比对软件之STAR的使用方法
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使用STAR构建参考基因组并比对
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使用STAR构建参考基因组 之前我们使用了hisat2构建了参考基因组序列，现在主流的软件是hisat2和STAR 于是我又跟着潘师兄的教程，来走一遍转录组，这里使用的就是STAR 在这过程中我还是碰到了许多问题和要注意的点，来看一下吧 软件安装 还是老样子，使用conda安装SATR，但是我最开始不清楚conda能不能安装STAR，于是我先看一下conda里面有没有它 conda search ...
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