N50

N50定义比较绕口，有一种只可意会不可言传的感觉，所以索性看图

N50和NG50

 

假设一个基因组的大小为10，但是这个值只有神知道，你得到的信息就是组装后有3个contig,长度分别为"3,4,1,1"，所以组装总长度为9。

为了计算N50，我们需要先把contig从大到小排列，也就是"4,3,1"。

然后先看最大的contig，长度是4，他的长度是不是超过组装总大小的一半了吗？如果是，那么N50=4, 4 < 4.5, 不是。

那么在此基础上加上第二长的contig,也就是4+3=7, 是不是超过一半了？7>4.5, 那么N50=3.

因此，N50的定义可以表述为"使得累加后长度超过组装总长度一半的contig的长度就是N50"。