SSRIT:简单重复序列识别工具

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微卫星microsatellite, 又叫做简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)或者短串联重复序列(short tandem repeats, STR), 指的是以2到10bp的短序列为单位，重复出现多次所构成的DNA序列。

重复的最小单位称之为motif, 示例如下

agagagagagag

上述片段就是一段SSR序列，motif为ag, 重复出现了6次。

微卫星DNA种类多，分布广，在基因组中平均50bp就有一个重复序列；在不同种族，不同人群中重复单位和重复次数都大不相同，构成了SSR遗传多态性。

SSRIT是一款识别简单重复系列的软件，官网如下：

http://archive.gramene.org/db/markers/ssrtool

该软件的官网提供了在线服务，用法如下

第一步，选择motif的最小长度和最小重复次数

参数a用于选择motif的最小长度，可选范围为2到10bp; 参数b用于选择最小重复次数，建议最小重复次数为5以上。

第二步，输入fasta格式的序列

在文本框中，输入fasta格式的序列，然后点击右下角的FIND SSRs<