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微卫星microsatellite, 又叫做简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)或者短串联重复序列(short tandem repeats, STR), 指的是以2到10bp的短序列为单位,重复出现多次所构成的DNA序列。
重复的最小单位称之为motif, 示例如下
agagagagagag
上述片段就是一段SSR序列,motif为ag, 重复出现了6次。
微卫星DNA种类多,分布广,在基因组中平均50bp就有一个重复序列;在不同种族,不同人群中重复单位和重复次数都大不相同,构成了SSR遗传多态性。
SSRIT是一款识别简单重复系列的软件,官网如下:
http://archive.gramene.org/db/markers/ssrtool
该软件的官网提供了在线服务,用法如下
第一步,选择motif的最小长度和最小重复次数
参数a用于选择motif的最小长度,可选范围为2到10bp; 参数b用于选择最小重复次数,建议最小重复次数为5以上。
第二步,输入fasta格式的序列
在文本框中,输入fasta格式的序列,然后点击右下角的FIND SSRs<