HISAT2是HISAT的升级版，用于RNA-seq数据的比对，替代了tophat。它采用改进的BWT算法，速度更快，资源占用少。软件包括建立索引、比对等步骤，支持SNP等额外信息以提高比对效率。HISAT2提供多种参数调整，如比对惩罚、插入大小等，并能处理多重比对。使用案例中展示了如何构建索引和进行比对。
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编者按
现在的软件更新实在太快了，光是转录组用来比对的软件就有很多，bowtie，
tophat，star，现在又有hisat以及hisat2，这款软件居然不叫tophat3。又得重新学习，好在万变不离其宗，短序列比对如何变化，都离不开基本的规律，因此，学习原理还是很重要的。
一、功能分类：
转录组短序列比对
二、软件官网：
http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
三、软件介绍:
hisat是Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts，分层次索引的用于转录本是spliced比对工具。
hisat2也是一款短序列比对的工具，主要用于RNAseq数据的比对。Hisat2是hisat比对工具的升级版。而hisat是tophat2的替代工具。tophat是一款非常有名的工具了。在很长一段时期内，RNAseq分析都是按照《Nature Protocol》上那边经典的tophat+cufflinks的分析流程来。后来这套方法逐渐被各种R分析的包取代，现在更多采用DEseq，edgeR等R扩展包来分析RNAseq的数据，将reads比对参考基因组上，然后对每个基因比对的reads进行记数。然后得到一个矩阵，接下来利用R包进行数据分析。因为经过多年分析芯片数据，R语言已经累计了大量分析表达数据的内容ÿ
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