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编者按
现在的软件更新实在太快了,光是转录组用来比对的软件就有很多,bowtie,
tophat,star,现在又有hisat以及hisat2,这款软件居然不叫tophat3。又得重新学习,好在万变不离其宗,短序列比对如何变化,都离不开基本的规律,因此,学习原理还是很重要的。
一、功能分类:
转录组短序列比对
二、软件官网:
http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
三、软件介绍:
hisat是Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts,分层次索引的用于转录本是spliced比对工具。
hisat2也是一款短序列比对的工具,主要用于RNAseq数据的比对。Hisat2是hisat比对工具的升级版。而hisat是tophat2的替代工具。tophat是一款非常有名的工具了。在很长一段时期内,RNAseq分析都是按照《Nature Protocol》上那边经典的tophat+cufflinks的分析流程来。后来这套方法逐渐被各种R分析的包取代,现在更多采用DEseq,edgeR等R扩展包来分析RNAseq的数据,将reads比对参考基因组上,然后对每个基因比对的reads进行记数。然后得到一个矩阵,接下来利用R包进行数据分析。因为经过多年分析芯片数据,R语言已经累计了大量分析表达数据的内容ÿ