少量代码完成火山图绘制

前言
偶然搜到这个包，不同于ggplot的强大，这个包是专门绘制火山图的，优化做得比较好，少量参数就可以做出不错的差异表达火山图。另外还是用了另一个r包的示例文件，所以大家完全可以重现这个图哈。我的大部分代码可能都会找r包里的示例文件作图，方便大家学习和重现。

1. 安装并激活r包EnhancedVolcano

if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE))
   install.packages('BiocManager')
library(EnhancedVolcano)

需要注意的是，这个包可能不是特别好安装，一般的解决方法是，安装的时候哪个包报错就重装哪个包就行，不行再在语句后面加一个force=true

2. 使用一下另一个r包的示例文件

BiocManager::install('GOplot')
library(GOplot)

2.1 查看一下r包的示例文件

head(EC$genelist)
data1 = EC$genelist

这里面就有绘制差异表达基因火山图的所有要素：基因名、logFC和p.value(注，在使用自己的数据时不需要对p值做对数计算，因为EnhancedVolcano包会自动计算)

3. 绘制火山图

EnhancedVolcano(data1,
                # 基因名字
                lab = data1$ID,#使用第一列作为图中点的标签
                x = 'logFC',#设置以logFC为x轴
                y = 'adj.P.Val',#设置以adj.P.Val为y轴（默认进行对数计算-log10（adj.P.Val）也可以指定为p值）
                xlim = c(-10,10),#设置x轴的宽度
                ylim = c(0,15),#设置y轴的高度
                pCutoff = 0.05,#设置y轴的阈值线
                FCcutoff = 1)#设置x轴阈值线

因为这个goplot包的数据只给了显著后的数据，不过也可以通过调整阈值做一个与正常火山图相似的图

#调整阈值

EnhancedVolcano(data1,
                # 基因名字
                lab = data1$ID,#使用第一列作为图中点的标签
                x = 'logFC',#设置以logFC为x轴
                y = 'adj.P.Val',#设置以adj.P.Val为y轴（默认进行对数计算-log10（adj.P.Val）也可以指定为p值）
                xlim = c(-10,10),#设置x轴的宽度
                ylim = c(0,15),#设置y轴的高度
                pCutoff = 0.001,#设置y轴的阈值线
                FCcutoff = 1.5)#设置x轴阈值线

4. 查看更多功能

help(package = EnhancedVolcano)

万能的帮助文档，掌握这个帮助文档的调出与查阅可以看懂很多代码的含义。

这个是一般的用法，下划即可看到每个参数的说明。