minimap2 长reads比对工具

最新推荐文章于 2024-10-10 07:09:08 发布
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版权

minimap2 长reads比对工具

minimap2 github 官网

https://github.com/lh3/minimap2

安装

git clone https://github.com/lh3/minimap2
cd minimap2 && make

wangchuang2017
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minimap2：适用于基因组和剪接核苷酸序列的通用成对比对器
02-28
入门 git clone https://github.com/lh3/minimap2 cd minimap2 && make # long sequences against a reference genome ./minimap2 -a test/MT-human.fa test/MT-orang.fa > test.sam # create an index first and then map ./minimap2 -x map-ont -d MT-human-ont.mmi test/MT-human.fa ./minimap2 -a MT-human-ont.mmi test/MT-orang.fa > test.sam # use presets (no test data) ./minimap2 -ax map-pb ref.fa pacbio.fq.gz > aln.
minimap2参数设置+解释【全网最详细】
m0_61164319的博客
03-11 2473
minimap2参数详解
Minimap2 项目使用教程
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gitblog_00733的博客
10-10 565
Minimap2 项目使用教程 minimap2 A versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences 项目地址: https://gi...
minimap2的简单安装使用流程
liduo159357的博客
03-20 3016
minimap2是一个通用的序列比对程序，可将DNA或mRNA序列与大型参考数据库进行比对。将 PacBio 或 Oxford Nanopore 基因组读数到人类基因组；寻找long reads之间的重叠，错误率高达~15%；PacBio Iso-Seq / Nanopore cDNA / Direct RNA reads与参考基因组的剪接感知比对(long reads)；对齐Illumina的单端或成对端读取；Assembly与Assembly间比对；
minimap2安装与使用（v 2.28）生物信息学工具26
weixin_44874487的博客
07-17 2950
Minimap2 是一个多功能的序列比对程序，可以将 DNA 或 mRNA 序列与大型参考数据库进行比对。对于约 10kb 的噪声读长序列，minimap2 比主流长读长比对程序（如 BLASR、BWA-MEM、NGMLR 和 GMAP）快几十倍。对于大于 100bp 的 Illumina 短读长，minimap2 的速度是 BWA-MEM 和 Bowtie2 的三倍，并在模拟数据上同样准确。映射长的噪声基因组读长。如果你为不同的数据类型运行 minimap2，可能需要保留使用不同参数生成的多个索引。
minimap2论文算法详解(主要针对RNA-seq)
GUET_DM_LQ的博客
11-06 6569
Heng Li, Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences,Bioinformatics, Volume 34, Issue 18, 15 September 2018, Pages 3094–3100, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty191 Minimap2：pairwise alignment for nucleotide sequences前言1. 引言2. 方法2.1 计算mi.
长读长序列快速比对工具Minimap2实战之cs tag
m0_67672416的博客
04-10 1295
但需要注意的是，由于Minimap2针对的是长读长的三代测序数据，其产生的比对结果可能会比较复杂，体现在CIGAR上就是操作符可能超过了65535个，这显然超过了bam文件能够接受的上限，比如使用Picard或Samtools将sam文件转为bam文件时，就会报错。cs标签是CIGAR的细化，打头的字符代表相应的CIGAR操作，紧随其后的就是相应的序列，cs标签需要"--cs"参数来打开，默认为"--cs=short"。当使用"--cs=long"参数时，cs标签会将完全匹配的碱基也显示出来，如。
CONSENT:可扩展的长读自校正和多序列比对的装配抛光
05-08
同意 CONSENT（可扩展的长读自校正和具有多... Minimap2可通过您的路径使用。 安装 使用以下命令克隆CONSENT存储库及其子模块： git clone --recursive https://github.com/morispi/CONSENT 然后运行install.sh脚本：
SneakySnake:SneakySnake是第一个也是唯一的对齐前过滤算法，可在现代CPU，FPGA和GPU架构上高效且快速地工作。 它极大地（超过了两个数量级）加快了短读和长读的序列比对计算。 Alser等在《生物信息学》（2020年）中进行了描述。 https
05-11
SneakySnake大大（超过了两个数量级）大大加快了短（Illumina）和长（ONT和PacBio）读数的序列比对计算。 由Alser等人描述。 （初始版本为 ）。 :light_bulb: SneakySnake现在支持短读（Illumina）和长读（ONT和...
PyyxicephalusGenomeAssembly:存储库概述了用于基因组组装的ONT数据
05-25
7. **生物信息学工具**：项目可能涉及多种软件工具，如Minimap2进行read比对，Canu或Flye进行组装，Medaka进行错误校正，以及BUSCO或HISAT2等工具进行基因注释和评估。 8. **数据分析**：完成基因组组装后，通常...
Minimap2用户手册
生物信息学
06-27 1443
Minimap2是一个快速的序列映射和比对程序，能够找到长噪声读段之间的重叠，或者将长读段或它们的组装映射到参考基因组上，并且可以选择性地进行详细比对（即CIGAR）。目前，它能够高效地处理从几千碱基到约100兆碱基长度的查询序列，错误率约为15%。Minimap2以PAF或SAM格式输出。
cpp-Minimap2是一个快速序列映射和校准程序
08-16
Minimap2 是一个快速序列映射和校准程序
Python-minimap生成您代码的迷你地图
08-10
minimap 生成您代码的迷你地图
pafread:将 Minimap2 等对齐工具生成的 .paf 文件读取到类似 SAM 的结构中-matlab开发
05-29
读取从比对生成的 .paf 文件用户需要将 texscan 格式文件和下游标签更改为适合他们需要的工具，例如 Minimap2 到类似 SAM 的结构中。 如果在未来的 MATLAB 版本中更改了任何依赖函数，则不太可能得到支持
Minimap2:三代比对工具
weixin_56827666的博客
10-15 2846
Minimap2:李恒大神开发的三代比对工具。
探秘高效基因序列比对工具 —— minimap2
gitblog_00074的博客
05-13 873
探秘高效基因序列比对工具 —— minimap2 minimap2 A versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences 项目地址: https://gitcode.co...
常用序列比对算法总结
linkequa的博客
12-07 5268
常用比对算法总结
Minimap2简介
BaldStrong's Log Cabin
07-12 9055
http://www.360doc.com/content/19/0122/19/52645714_810653684.shtml Minimap2是知名比对工具BWA的开发者Li Heng新开发的比对工具，它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上，使用场景有下面几种： 将PacBio或OXford Nanopore的read和已有参考基因组（如人类）进行比对 寻找高错误率read...
minimap2: 高效的C/C++基因组及序列比对工具
这些操作展示了minimap2如何处理输入的参考基因组和待测序样本数据，并输出标准的SAM格式文件，该文件包含了详细的比对信息，包括读段（reads）与参考序列的匹配位置、匹配质量等。 知识点四：PacBio基因组读取的...
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