GEO/SRA数据库

GEO数据库

GEO数据库隶属于NCBI，是最大最全面的基因表达数据库，主要是芯片和转录组测序数据。除储存数据外，也提供一些数据挖掘工具，因此利用好这个数据库，没有实验，没有自己的数据也能发好文章！

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

 

SRA文件的存放

从NCNI的这个站点（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/）可以看出，sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的，该目录下的analysis是分析结果文件

reads目录下，又分为ByExp，ByRun和ByStudy三个目录，每个目录下都有sra子目录，而且又分为三个子目录，所以从这里找sra文件是非常繁琐的。不如从GEO主页上直接搜索编号。