10x loupe browser 筛选样品细胞群

本文介绍了10 x loupe browser 查看单细胞聚类

所需要文件

1. loupe file： cloupe.cloupe
2. project file: tsne/umap_cellsEmbelling.csv
3. category file: cells_clusterfiles

文件准备

1. cellranger 自动生成cloupe.cloupe，在输出目录outs文件夹下
2. tsne/umap_cellsEmbelling.csv，seurat object reduction assay, eg:

write.csv(data@reductions$umap@cell.embeddings,file="CTR1_umap_gene.csv")

3. category file: 细胞分类结果，eg:

write.csv(data@active.ident,file="clusterResult.csv",quote=F)

文件导入

1. loupe 文件导入
   
2. project file导入
   
3. category文件导入
   

luope基本操作

1. 选择细胞并命名为test
   
2. 导出刚设定的细胞亚群的细胞barcode
   
   然后选择 include enabled保存即可
3. 其他操作，如细胞类型自定义，差异基因筛选等可以参考如下博客
   https://zhuanlan.zhihu.com/p/103232984

附 loupe software url: https://www.10xgenomics.com/products/loupe-browser/downloads