RDKit | 基于RDKit的氨基酸序列转换为SMILES

最新推荐文章于 2023-11-08 04:39:29 发布

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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签：化学信息学 python RDKit 多肽

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本文介绍如何利用RDKit将氨基酸序列转换为MOL对象并计算分子描述符，适用于化学信息学和机器学习场景。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一个氨基酸序列代表的化合物转换为MOL对象，并计算出该分子的描述符，用于机器学习。

导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
IPythonConsole.ipython_useSVG = True

载入数据

peptide_smiles = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromFASTA("RGDfK"))
print(peptide_smiles)

N=C(N)NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O

绘制多肽

peptide_mol = Chem.MolFromSmi

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RDKit | 基于RDKit的肽和核酸序列转换分子Mol对象

DrugAI

01-06

1612

RDKit文档中MolFromHELM()，从HELM字符串构建分子（当前仅支持肽）”。另一方面，正如GitHub问题中指出的那样，除了肽之外，实际上还可以从核酸序列创建Mol对象。导入库 from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import AllChem, Draw from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole, rdMolDraw2D from IPython.display import S..

如何将短肽序列（氨基酸单字母缩写样式）转换成Smiles格式（资源汇总）

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qq_18125351的博客

08-10

1050

生物信息学中常见的大分子序列数据和化学信息学中的分子描述符的转换

4 条评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

氨基酸符号序列转换为FASTA格式的蛋白质序列

05-18

氨基酸符号序列转换为FASTA格式的蛋白质序列，直接编译，将英文氨基酸序列粘贴到窗口，按回车即可输出转换结果。

氨基酸三字母序列转单字母序列

羊羊的博客

03-20

2099

氨基酸三字母序列转单字母序列 1.氨基酸对照数据对照数据集：提取码：amin 实例数据：提取码：data 2. 对照code #%% 氨基酸的3 to 1 #导入package import pandas as pd from pandas import DataFrame as df import numpy as np import re Amino_acid_path="D:\Topic\\alphafold\\Amino_acid.csv"#氨基酸对照表路径 amino_acid=pd.

碱基序列转换成氨基酸序列

asd4172855的博客

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5250

#!coding:utf-8 # Author:pymingming import pyperclip def code_table(): f = open('code.txt','r') s = f.readlines() l1,l2 = [],[] for line in s: key = line.split()[...

rdkit将已有数据：分子坐标，对应原子名称，键信息转换为smiles格式

m0_57236802的博客

02-09

935

您可以使用RDKit的MolFromMolBlock函数读取分子数据，并使用MolToSmiles函数将其转换为SMILES字符串。如果您需要对分子坐标、原子名称和键信息进行处理，您可以使用RDKit的其他函数和功能。例如，您可以使用GetAtomWithIdx函数读取分子中单独的原子，以便进行编辑。请注意，上面的代码将从MolBlock格式读取分子数据，然后使用MolToSmiles函数将其转换为SMILES字符串。您可以根据需要调整分子数据和代码。

RDKit | 基于RDKit的SMILES转canonical SMILES

DrugAI

03-24

7806

基于RDKit的SMILES String转canonical SMILESString 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole SMILES转RDKit的Mol对象 testsmi = '[H][C@@]12CC[C@H](...

RDKit | 基于RDKit的随机SMILES的生成

DrugAI

02-27

3192

环境系统：Windows 10 （x64） Python： Python3.7 RDKit：2019.09.3 基于RDKit的随机smiles生成导入库 import sys import os from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import IPythonCon...

RDKit | 基于RDKit探索化学空间-smiles悬停

DrugAI

02-12

1861

环境 Win10 RDKit2021.09.2 Python=3.7 基于RDKit探索化学空间-smiles悬停导入库 import sys import os import pandas as pd import numpy as np import altair as alt from rdkit import Chem from rdkit import rdBase from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import

RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图

DrugAI

03-23

1753

import os import numpy as np import igraph from py2cytoscape import util from cyjupyter import Cytoscape from rdkit import Chem from rdkit.Chem import DataStructs from rdkit.Chem import AllChem fr...

使用RDKit将pdb文件转成SMILES

周迪新的博客

06-11

1563

import rdkit from rdkit import Chem mol = rdkit.Chem.rdmolfiles.MolFromPDBFile('CHEMBL519111.conf1.pdb') Chem.MolToSmiles(mol)

rdkit 同一个化合物的多种SIMLES格式生成；片段分子两个R-groups基团字符串拼接

weixin_42357472的博客

10-22

650

片段生成可参考：https://blog.csdn.net/weixin_42357472/article/details/127377633。正常处理字符串可能会有上诉的问题，所以这里简单调用本文章第一个用rdkit接口同一个化合物生成的多个smiles，然后选取连接点（*星号）在最后的那个拿来做对接。（*星号）都在前面，字符串拼接前需要处理反转下；正常字符串反转simles没有很简单，特别在括号，等号，和括号对应的侧链位置都可能丢失。1）两个片段结构：“*OCCOc1ccccc1” ,'

【RDkit】SMILES标准化方法以及其中的一个坑（手性）

DJJ5210的博客

11-08

1135

标准化之前：O=C(N[C@@H](C)C1=CC=C(C(O)=O)C=C1)C2=C(CC3=CC=C(OC(F)F)C(OC(F)F)=C3)SC4=C2CCOC4。其中重要的一个参数：“isomericSmiles”，它表示是否保存原始分子的手性，当时做分子生成的时候坑惨了，我说怎么生成的分子都是不带有手性的呢？"C@@H"和"C@H"这两种手性也是不一样的，以下两幅图的手性也是不同的，他们对应的化学反应可能也是不同的，"C@@H"和"C@H"区别以及和rdkit的标准化方法。

分子数据的获取、解析与结构绘制（RDKit）

weixin_60737527的博客

09-07

7051

rdkit分子信息解析与分子图绘制

RDKit | 多肽HELM字符串格式与分子Mol格式间的转换

DrugAI

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导入库 from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import Draw, rdDepictor from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion) rdkit version: 2020.03.2 Oxytocin_mol = Chem.MolFromHELM('PEPTIDE1{C.Y.I.Q.N.C.P.L.

【大模型多肽发现、杂谈】AMPs研究的一些领域知识

XANTAR____RES的博客

05-21

183

肽的氨基酸特征就是肽的序列，即将每个氨基酸表示成一个字符后形成的序列。通常不直接使用序列作为输入（除一些基于RNN的方法），而是使用embedding layer提取有代表性的特征。将序列数据编码成数值信息的方法主要分为两类：基于肽特征的和基于氨基酸特征的。它学习到的每一个embedding都是输入序列的函数，具体地说，它从不同上下文中获取字符使用方式并且根据不同上下文中的相同字符来产生其不同的表征。一、基于肽特征的方法又进一步分为两种，即基于序列特征的和基于结构特征的。二、基于氨基酸特征的方法。

【学习笔记】PNAS2022-AIphaDrug

JackCrum的博客

12-09

653

本文展示2022年发表在PANS上的一篇分子生成的文章，详细包含了论文理解以及代码运行逻辑，欢迎查阅，转发和关注！

怎么把rdkit mol对象转换成smiles

04-02

可以使用rdkit内置的MolToSmiles函数将rdkit的mol对象转换为SMILES字符串。示例代码： ```python from rdkit import Chem # 创建一个rdkit的mol对象 mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1') # 将mol对象转换为SMILES字符串 smiles = Chem.MolToSmiles(mol) print(smiles) ``` 输出结果： ``` c1ccccc1 ``` 注意：如果mol对象包含手性信息，需要设置isomericSmiles参数为True，才能正确地转换为SMILES字符串。例如： ```python # 创建一个包含手性信息的mol对象 mol = Chem.MolFromSmiles('C[C@@H](Cl)Br') # 将mol对象转换为SMILES字符串（包含手性信息） smiles = Chem.MolToSmiles(mol, isomericSmiles=True) print(smiles) ``` 输出结果： ``` [C@H](Cl)CBr ```