2019/07/16_ATAC-Seq_2

最新推荐文章于 2024-07-27 17:40:25 发布
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分类专栏： course 文章标签： course_bioinformatics
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atacseq的学习笔记
acetyl_coa1741的博客
08-02 450
ATACSEQ的学习笔记
2019/07/17_ATAC_Seq_1_FASTQ
uqyuan0515的博客
07-18 365
今天开始ATAC-Seq 边学边分析总结。 首先说一下fastq 和fasta格式的不同和转换：转换用seqtk , 用conda 安装seqtk, 然后转换： seqtk seq -A larvae1_S1_L001_R1_001.fastq > larvae1_S1_L001_R1_001.fasta fasqa 不适合储存并且没有质量信息，所以我们无需转换，在这里直接用...
ATAC-seq 数据分析实战
qz的博客
03-11 2366
ATAC-seq 实践
如何使用ATAC-Seq 分析，手把手流程教学
bioRoundTable的博客
07-27 1823
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序（NGS）文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上，该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序，并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。
转录调控实战 | 一文解决转录调控问题 | chIP-seq | ATAC-seq
weixin_34348174的博客
04-17 465
做生物的想发文章怎么办？转录调控来解析（huyou）！ 最简单的情形： 1. 我在研究一个非常重要的基因A，功能已经做得差不多了，现在想深挖，第一步就是想知道哪个转录因子调控这个基因A； 2. 我发现了一个新颖的转录因子B，非常想知道这个TF到底在调控哪个基因。   研究方法不过几种： 1. RNA-seq分析差异基因，间接推测调控的转录因子。 2. 基于大量的ChIP-seq公共数...
【算法详解】单细胞染色质开放性数据降维方法SCALE，单细胞表观组数据处理方法（VAE+GMM）
weixin_60734652的博客
11-03 312
SCALE结合VAE和GMM来处理scATAC-seq数据X，将数据X建模为一个联合分布。其中c是提前定义的K个聚类中的一个，对应于GMM的一个分量；是隐变量，和通过编码器网络使用X学习得到，从分布中选取。由于z是由c决定的，所以有，其中是K个预定义聚类的离散分布，服从混合高斯分布，每个分量对应于一个类别c，具有均值和方差是由解码器网络建模的多变量伯努利分布。如下图所示，SCALE方法将每个cell对应的数据，先通过编码器映射到低维隐空间对应的表示。
plate_scATAC-seq:快速而强大的基于板的单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）方法
05-23
快速而强大的基于板的单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）方法 注意：此处的存储库仅是为了复制对原始《的分析。 现在，纯粹出于数据处理的目的，我们有了蛇形制作管道的更新版本。 请在这里查看： 。 它具有更灵活的设置...
ATAC-pipe:ATAC-seq数据的分析管道
05-22
2. **配对端连接**：ATAC-seq数据通常是单端或双端测序，通过FastQ对齐工具如STAR或Bowtie2将配对的短读序列映射到参考基因组上，确保正确配对和定位。 3. **去除PCR重复**：由于PCR扩增过程可能导致序列重复，因此...
20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
uqyuan0515的博客
09-04 9964
染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation,ChIP 技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特...
bulkATACGC:批量ATAC-seq数据中的归一化和GC含量影响
05-16
批量ATAC-seq数据的标准化基准 该存储库包含用于重现规范化基准报告中报告的分析的代码。 要运行代码，请先 从下载来自Zenodo的包含所有公共数据集的压缩文件。 压缩文件应在此存储库的根目录中解压缩，相应的...
【生物信息学-单细胞】什么是scATAC-seq
sxl的博客
04-19 4218
目录1 什么是单细胞测序2 scATAC-seq概念3 参考文献 1 什么是单细胞测序 科普讲堂|什么是单细胞测序？ 2 scATAC-seq概念   继单细胞转录组测序scRNA-seq技术之后，在单细胞测序领域独领风骚的10X Genomics公司又开始大力推广它的新产品，scATAC-seq。苦苦追赶测序前沿的小伙伴纷纷发出了害怕被时代抛弃的恐慌声音：ATAC-seq是什么？在这里，笔者就跟大家介绍一下表观遗传学的研究利器ATAC-seq及10X Genomics推出的单细胞ATAC-seq。   A
ATAC-seq数据分析流程
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weixin_57830892的博客
04-18 1万+
Outline0. ATAC-seq原理0.1 染色体结构0.2 原理0.3 结果0.4 意义1. ATAC-seq数据分析流程1.1 上游分析（1）序列质控和比对（2）序列筛选1.2 下游分析1.3 进阶分析 0. ATAC-seq原理 0.1 染色体结构 0.2 原理 0.3 结果 0.4 意义 1. ATAC-seq数据分析流程 1.1 上游分析 （1）序列质控和比对 fastqc trim_golare bowtie2 mapping时要加上参数 --very-sensitive -X 2000
“单细胞”前瞻 |新型微滴反应筛选技术&ATAC-seq数据分析新篇章
悟道西方
10-28 813
来源：www.im.cas.cn/xwzx2018/kyjz/201910/t20191009_5405438.html http://life.tsinghua.edu.cn/publish/smkx/11191/2019/20191009170114780764738/20191009170114780764738_.html 新型微滴反应筛选技术 中科院微生物所微生物资源前期开发国...
ATAC-seq数据分析（一）
watermel__的博客
05-09 4039
1.下载需要的SRR数据 选择符合要求的数据（具体要看论文，这篇论文就提到了有的ATAC数据和RNA数据没有pass）,选择完数据后点击Accession List，会得到SRR_Acc_List.txt 2.使用sratoolkit(NCBI有安装教程)批量下载SRR数据 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt --output-directory /home/***/JupyterNotebook/Multiomics_data/Parallel/boold
ATAC-seq原理与步骤
leroylee7的博客
10-09 4492
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。 一、什么是染色质可接近性/开放性？ DNA与组蛋白结合后形成核小体，核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质。DNA的复制和转录都需要将染色质紧密结构打开，从而允许调控因子结合DNA。这部分被打开的染色质，就叫开放染色质区域（Open Chromation region,OCR）。开放染色质允许调控
使用SCALE分析单细胞ATAC-seq数据
xuzhougeng blog
10-17 3018
SCALE全称是Single-Cell ATAC-seq analysis vie Latent feature Extraction, 从名字中就能知道这个软件是通过隐特征提取的方式分析单细胞ATAC-seq数据。 在文章中，作者从开发者的角度列出了目前的scATAC-seq分析软件，chromVAR, scABC, cisTopic, scVI，发现每个软件都有一定的不足之处，而从我们软件使用...
南京工业大学在辽宁2020-2024各专业最低录取分数及位次表.pdf
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那些年，与你同分同位次的同学都去了哪里？全国各大学在辽宁2020-2024年各专业最低录取分数及录取位次数据，高考志愿必备参考数据
下单系统的Spnigboot和微信小程序实现（全栈微信小程式下单）.zip
10-04
下单系统的Spnigboot和微信小程序实现（全栈微信小程式下单）
PBMC scATAC-seq数据获取
09-14
PBMC（外周血单个核细胞）scATAC-seq（单细胞ATAC测序）是一种用于分析单个细胞中染色质可及性区域的高通量测序技术。这种技术可以帮助研究人员了解细胞类型特异性的基因表达调控和染色质结构变化，是研究细胞分化、细胞状态转换及疾病模型等的重要工具。 获取PBMC scATAC-seq数据通常包括以下几个步骤： 1. 样本准备：首先需要收集新鲜或冷冻保存的PBMC样本。这些样本可以是健康个体或病人的外周血，经过密度梯度离心等方法分离得到单个核细胞。 2. 单细胞分离：使用流式细胞仪或其他单细胞分选技术，将PBMC进一步分离成单个细胞。这一步骤对于保证后续实验的高质量至关重要。 3. 核处理和标记：将分离得到的单细胞进行裂解，以释放出细胞核，并将细胞核标记上特异性条形码，这样在测序过程中可以区分不同的细胞。 4. ATAC-seq实验：利用ATAC-seq技术对标记后的单个细胞核进行处理，以打开染色质，并通过PCR扩增标记的DNA片段。 5. 库制备和测序：对扩增的DNA片段进行库制备，并在高通量测序平台上进行测序。 6. 数据分析：测序完成后，需要对原始数据进行质量控制、序列比对、峰值调用、条形码解码以及单细胞水平的分析，包括细胞聚类、差异可及性分析等。 在整个过程中，确保样本质量、实验操作的精确性和数据分析的准确性对于获取高质量的PBMC scATAC-seq数据至关重要。
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