语言绘制基因表达热图_使用corrplot包绘制基因表达谱相关性热图

本文源自微信公众：爱编程的药学生

原创：恺忻

在做了WGCNA或者PPI分析后，我们能够得到一系列的关键基因。在基因的调控网络中，很多基因具有着紧密的调控关系，他们的表达具有着较高的正相关或负相关。那么为了能够对这些基因表达量之间的相关性进行可视化展示，corrplot包是一个不错的选择。首先我们的输入数据input.txt如下所示,每行是不同的基因，每列是不同的样本。

绘图脚本如下：

library(corrplot)                                             setwd("C:甥敳獲kwkxDesktopplot")      #设置目录，需要更改为自己的目录data=read.table("input.txt",sep="",header=T,row.names=1,check.names=F)   #开始绘图  par(oma=c(0.5,1,1,1.2))M=cor(t(data))corrplot(M, order = "AOE", type = "upper", tl.pos = "lt")corrplot(M, ad