IF：7+ 免疫微环境中的免疫基因标记和免疫类型与胶质瘤的预后相关

最新推荐文章于 2024-08-18 18:02:49 发布
最新推荐文章于 2024-08-18 18:02:49 发布
阅读量761 收藏 8
点赞数
分类专栏： 文章思路推荐 文章标签： 算法 机器学习 数据分析 数据挖掘 SCI文章
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_41368414/article/details/124558912
版权

图片

点击关注，桓峰基因

桓峰基因

生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你

89篇原创内容

公众号

这期分享2022年4月14日发表在 Front. Immunol （7.561）的一篇文章研究不同的免疫亚型对患者生存的影响，同时鉴定的基因可用于对胶质瘤患者进行分层。这些发现表明胶质瘤免疫微环境与胶质瘤患者的预后显著相关，并且多个基因参与调节胶质瘤的进展。该文章使用桓峰基因公众号里面的教程即可实现，有需要类似思路的老师可以联系我们！

图片

每周线上直播课程，欢迎过来围观，扫码预约

图片

图片

摘 要

胶质瘤是成人最常见的原发性恶性脑肿瘤，预后很差。胶质瘤患者的新治疗策略有限，部分原因是复杂的肿瘤微环境。然而，目前对胶质瘤免疫微环境及其调控机制的认识尚缺乏。在这项研究中，我们发现，不同的免疫亚型对患者的生存有显著影响。高免疫应答亚型胶质瘤患者的生存期较低免疫应答亚型胶质瘤患者短。高免疫应答亚型患者免疫微环境中的B细胞、T细胞、NK细胞，特别是巨噬细胞的数量明显增强。此外，还发现了132个与胶质瘤免疫相关的基因。对7个核心基因进行功能分析和验证，其表达水平与胶质瘤患者的预后显著相关，且在组织水平上结果一致。提示胶质瘤免疫微环境与胶质瘤患者的预后显著相关，多基因参与调控胶质瘤的发展。鉴定出的基因可用于对胶质瘤患者进行免疫亚群分析分层，指导临床治疗方案。

生信分析流程

我们从文章中提取生信分析流程，文章算是利用多组学的思路来分析结直肠癌预后，m6A调控因子的表达和CNV在结合lncRNAs和mRNA的数据综合性分析，看下文章中使用的数据集和生信分析方法，如下：

  • 相关数据准备

    数据集选择：CGGA cohort (n=749) and TCGA cohort (n=689）

基因集选择：25个免疫相关基因和两个MSigDB的pathway，

“c2.cp.kegg.v6.2.symbols” “h.all.v7.2.symbols” gene sets

  • 生信分析方法

我们从文章的分析流程中提取所有的分析内容，整理出来就13个分析条目，构成了整个文章，临床大样本量+生信文章，发了7+，点击分析条码就会跳转到对应公众号的教程，跟着教程做，您也能发7+，如下：

1. 计算25个免疫相关基因集富集分析 （ssGSEA）

2. 基于免疫相关基因集利用无监督聚类分为3个亚群(ConsensuClusterPlus)

3. 对三个亚群进一步主成分分析（PCA）

  1. 分析免疫评分，基质评分，估计值和肿瘤纯度 （ESTIMATE）

5. 基因集变异分析不同免疫亚群之间通路的差异 (GSVA)

6. 比较免疫细胞浸润分数 （CIBERSORT）

7. 免疫亚群相关基因(IRGs)的筛选 （limma）

8. 基于IRGs的GO富集分析

9. 基于IRGs的预测模型的构建（Lasso）

10. 多因素Cox回归鉴定7个免疫亚型相关基因的森林图(Forest)

11. 基于预后模型的生存分析（Kaplan–Meier curve）

12. 预后模型的时间准确性 （ROC）

  1. 单因素Cox分析七个 Hub genes及生存分析

研究结果

1. 计算25个免疫相关基因集富集分析 （ssGSEA）

获得25组免疫相关基因的ssGSEA得分

2. 基于免疫相关基因集利用无监督聚类分为3个亚群(ConsensuClusterPlus)

图片

图片

3. 对三个亚群进一步主成分分析（PCA）

图片

  1. 分析免疫评分，基质评分，估计值和肿瘤纯度 （ESTIMATE）

图片

5. 基因集变异分析不同免疫亚群之间通路的差异 (GSVA)

图片

基因变异分析 GSVA

桓峰基因小店

_1000_购买

6. 比较免疫细胞浸润分数 （CIBERSORT）

图片

7. 免疫亚群相关基因(IRGs)的筛选 （limma）

图片

8. 基于IRGs的GO富集分析

图片

9. 基于IRGs的预测模型的构建（Lasso）

图片

10. 多因素Cox回归鉴定7个免疫亚型相关基因的森林图(Forest)

图片

11. 基于预后模型的生存分析（Kaplan–Meier curve）

图片

12. 预后模型的时间准确性 （ROC）

图片

  1. 单因素Cox分析七个 Hub genes及生存分析

图片

桓峰基因
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 8
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
imsig:用于分析实体瘤微环境的免疫细胞基因特征
05-29
imsig ：用于分析实体瘤微环境的免疫细胞基因特征ImSig是一组基因特征，可用于估计组织转录组学数据中免疫细胞的相对丰度，尤其是在癌症数据集中。 ImSig分析背后的基本原理是，对于存在于数据集中的给定免疫细胞...
传感技术中的基于免疫微传感器的微流体系统
11-08
　利用抗原抗体之间的特异性亲和作用以及酶的催化放大作用，通过检测与待测物浓度相关的电流信号实现生物分子的检测和识别，相对于传统的光谱免疫检测具有响应快、灵敏度高、成本低、体积小等特点。 　基于MEMS工艺...
如何查找特定基因集合免疫基因集 炎症基因集
生信小博士的博客
10-28 1140
打开网址：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp。温故而知新，再次看下Msigdb数据库。给我们提供了一个查询基因集的地方。3.比如我对纤维化感兴趣，输入fibrosis，就可以看到相关基因集合。4.你可以在第二步点击brower试试！关注微信：生信小博士。2.点击search。
如何从ImmPort下载免疫相关的基因集
weixin_43949246的博客
10-13 6542
首先进行管网https://www.immport.org/home 选择gene list 选择gene summary 该列表的基因即是所有的免疫相关的基因集
Nat. Genet. | 基于遗传学主导的方法定义免疫相关性状的药物靶标
DrugAI
12-30 1273
2019年6月28日牛津大学Julian C. Knight教授团队以及欧盟创新药物计划ULTRA-DD协会在Nature Genetics在线发表题为 A genetics-led a...
代谢评分打分 甘油三酯
生信小博士的博客
10-25 1802
概普生信沉浮生信多年的老司机，带你起飞。个性化生信分析定制联系生信人6 人赞同了该文章预后一直是癌症研究中的一个经典方向，各种预后模型层出不穷，那么如何让我们的预后文章脱颖而出呢，不妨结合单细胞试试。今天小编就和大家分享一篇前几天刚刚发表在Frontiers in Oncology（IF:6.244）杂志上关于结肠癌预后的文章，文章将传统bulk数据与单细胞数据结合，并以热点的代谢为切入点构建了预后模型，进行了多角度分析，为文章增加了亮点。文章思路新颖，方法简洁非常值得做预后的小伙伴学习借鉴，思路获取可以联
R读取gmt文件的六种方式
热门推荐
weixin_40739969的博客
10-12 1万+
R读取gmt文件的五种方式 kegg_geneset1 <- qusage::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是list kegg_geneset2 <- clusterProfiler::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是表格 kegg_geneset3 <- GSA::GSA.read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #"GSA.gene
IF: 6+ m6A信号与肿瘤免疫微环境在胶质瘤中的预后分析及验证
weixin_41368414的博客
04-27 499
IF: 6+ m6A信号与肿瘤免疫微环境在胶质瘤中的预后分析及验证
单基因gsea_3分+单基因与胶质瘤免疫治疗预后
weixin_39630813的博客
11-21 570
今天给大家分享一篇简单易学的！它发表在Onco Targets Ther(IF=3.046)上的文章IFI30 Is a Novel Immune-Related Target with Predicting Value of Prognosis and Treatment Response in Glioblastoma，作者根据IFN-γ刺激基因，筛选出IFI30并证明其可作为胶质母...
单基因gsea_易学3+分套路：单基因免疫治疗预后
weixin_39640767的博客
11-21 593
今天给大家分享一篇简单易学的！它发表在Onco Targets Ther(IF=3.046)上，作者根据IFN-γ刺激基因，筛选出IFI30并证明其可作为胶质母细胞瘤治疗的新靶点。标题：IFI30 Is a Novel Immune-Related Target with Predicting Value of Prognosis and Treatment Response in Gl...
在免疫组织化学分析中，染色细胞的百分比是比染色强度更可靠的参数：大肠癌进展和肝转移中9种分子标记的表达
06-04
方法和结果：在这项研究中，我们检查了9种标记物的免疫组织化学表达，分别是膜结合黏蛋白1（MUC1），paxillin（PAX），局灶性粘附激酶（FAK），G蛋白偶联受体56（GPR56），ORAI3和结肠癌微卫星不稳定性（MSI）的...
论文研究 - 肝癌免疫治疗中免疫检查点抑制剂的研究进展
05-23
免疫抑制微环境的存在是肝肿瘤细胞脱离宿主免疫系统的重要原因，也是肝癌发生和发展的重要依据。 随着肿瘤治疗目标从肿瘤细胞向肿瘤细胞免疫微环境的最近转变，免疫治疗悄然出现。 通过改变肝细胞癌细胞的免疫抑制...
基于免疫微传感器的微流体系统
01-19
　利用抗原抗体之间的特异性亲和作用以及酶的催化放大作用，通过检测与待测物浓度相关的电流信号实现生物分子的检测和识别，相对于传统的光谱免疫检测具有响应快、灵敏度高、成本低、体积小等特点。 　基于MEMS工艺...
算法的学习笔记—删除链表中重复的结点（牛客JZ76）
业精于勤，荒于嬉
08-14 1229
本文介绍了一种删除排序链表中重复节点的高效算法。通过递归的方式，算法能够有效地删除所有重复节点，并保留链表中仅出现一次的节点。此方法的实现简单且易于理解，同时在时间和空间复杂度方面表现优异，适用于处理大规模数据链表中的重复节点问题。😁热门专栏推荐想学习vue的可以看看这个java基础合集数据库合集redis合集nginx合集linux合集手写机制微服务组件spring_尘觉springMVCmybits🤔欢迎大家加入我的社区尘觉社区。
【LeetCode每日一题】——623.在二叉树中增加一行
IronmanJay的博客
08-14 1158
给定一个二叉树的根 root 和两个整数 val 和 depth ，在给定的深度 depth 处添加一个值为 val 的节点行。 注意，根节点 root 位于深度 1 。 加法规则如下: 给定整数 depth，对于深度为 depth - 1 的每个非空树节点 cur ，创建两个值为 val 的树节点作为 cur 的左子树根和右子树根。 cur 原来的左子树应该是新的左子树根的左子树。 cur 原来的右子树应该是新的右子树根的右子树。 如果 depth == 1 意味着 depth - 1 根本没有深度
LeeCode Practice Journal | Day43_DP10
Janniam的博客
08-14 277
上题的变体，与nums[i]前每一个连续的元素比较变为前一个元素比较。2、返回值不是dp[i]，是dp数组中的最大值。1、数组元素要初始化为1。
C语言——函数递归
最新发布
2406_83392683的博客
08-18 241
递归是一种解决问题的方法，在C语言中，就是。但是，如果递归无限地进行下去，就会出现栈溢出，上述就是一个典型例子。
【算法】马踏棋盘（骑士周游）问题回溯算法实现以及使用贪心算法优化
2302_78914800的博客
08-18 345
将马儿随机放在国际象棋的 8*8 棋盘的某个方格中，马儿按照“马走日”进行移动，要求每个方格只进入一次，走遍棋盘上全部 64 个方格。注意：马儿不同的走法会得到不同的结果，效率也会有影响。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值