如何从ImmPort下载免疫相关的基因集

已于 2023-08-13 09:36:02 修改
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分类专栏： 笔记 文章标签： 免疫基因集 在线分析 泛癌分析 生信工具 基因数据
于 2021-10-13 22:15:01 首次发布
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版权

首先进行管网https://www.immport.org/home
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选择gene list
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选择gene summary
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该列表的基因即是所有的免疫相关的基因集
############新增，推荐一个在线分析的生信泛癌分析网站######
泛癌工具：http://www.sxdyc.com/panCancerKMCurve
在这里插入图片描述

MSigDB:基因集数据库
庐州月光的博客
11-05 1万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! Gene Set Enrichment Analysis，中文名称为基因集富集分析，是由Broad Institute研究所的科学家提出的一种富集方法，在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA和一个基因集数据库MSigdb。本章主要介绍这个数据库，官网如下 http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/...
生信分析、数据库网站集合
qq_46014571的博客
02-05 680
生信笔记本
【Reactome 下载所有通路基因集】
weixin_43839173的博客
06-17 8384
Reactome 下载所有通路基因集
IF：7+ 免疫微环境中的免疫基因标记和免疫类型与胶质瘤的预后相关
weixin_41368414的博客
05-03 804
IF：7+ 免疫微环境中的免疫基因标记和免疫类型与胶质瘤的预后相关
iMeta | 四川大学郭安源组开发T细胞状态评估新方法
最新发布
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-16 427
点击蓝字 关注我们TCellSI：T 细胞状态评估的新方法及其在免疫环境预测中的应用研究论文●期刊：iMeta（IF 23.7）●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.231●2024年8月26日，四川大学郭安源团队在iMeta在线发表了题为“TCellSI: A novel method for T cell state assessment and i...
如何查找特定基因集合免疫基因集 炎症基因集
生信小博士的博客
10-28 1406
打开网址：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp。温故而知新，再次看下Msigdb数据库。给我们提供了一个查询基因集的地方。3.比如我对纤维化感兴趣，输入fibrosis，就可以看到相关基因集合。4.你可以在第二步点击brower试试！关注微信：生信小博士。2.点击search。
单细胞免疫细胞基因marker
qq_40966210的博客
10-30 1万+
T.cell.marker = c("CD3D",'CD3E','CD2') Fib.cell.marker = c('COL1A1','DCN','C1R') Myeioid.cell.marker = c('LYZ','CD68','TYROBP') B.cell.marker= c('CD79A','MZB1','MS4A1') Endothelial.cell.marker= c('CLDN5','FLT1','RAMP2') Mast.cell.marker= c('CPA3','TPSAB1'.
单样本GSEA分析肿瘤组织免疫浸润
qq_27390023的博客
05-03 655
【代码】单样本GSEA分析肿瘤组织免疫浸润。
类风湿关节炎中免疫基因的孟德尔随机化分析：揭示单核细胞的关键作用
进一步的GO（基因本体论）和KEGG（京都基因集富集分析）功能注释表明，这些上调基因主要参与趋化性、细胞因子活性以及免疫受体功能等关键生物学过程，尤其与肿瘤坏死因子信号通路和白细胞外周迁移等免疫途径有显著...
imsig:用于分析实体瘤微环境的免疫细胞基因特征
05-29
imsig ：用于分析实体瘤微环境的免疫细胞基因特征 ImSig是一组基因特征，可用于估计组织转录组学数据中免疫细胞的相对丰度，尤其是在癌症数据集中。 ImSig分析背后的基本原理是，对于存在于数据集中的给定免疫细胞类型，仅表达特征基因是不够的，还需要共表达。 ImSig基因被设计为在组织转录组数据中共表达，因此未能在用户的数据集中共表达可能表明它不存在。 一旦用户确定了其数据集中存在的细胞类型，他们就可以计算其相对丰度并使用此程序包进行生存分析。 引文 用于分析实体瘤微环境的免疫细胞基因特征Ajit J. Nirmal、Tim Regan、Barbara B. Shih、David A. Hume、Andrew H. Sims 和 Tom C. Freeman 2018 年 11 月 1 日 (6) (11) 1388-1400； DOI：10.1158/2326-6066.CIR-1
类风湿性关节炎中免疫相关基...胞的双样本孟德尔随机化分析_范以东.pdf
01-08
首先，研究通过差异表达分析从GEO和ImmPort数据库中筛选出在RA患者中表达上调的免疫相关基因。共识别出39个差异表达基因，这些基因主要参与趋化性、细胞因子活性和免疫受体活性等生物学过程。通过GO（Gene Ontology...
你是一个R语言大师，ICG_2426_InnateDB_data、IRG_2498_ImmPort_data是两个个数据集，如何根据Symbol列取他们的补集
07-17
要根据Symbol列取两个数据集的补集，你可以使用R语言中的dplyr包来实现。以下是示例代码： ```R library(dplyr) # 读入第一个数据集 data1 ("ICG_2426_InnateDB_data.csv") # 读入第二个数据集 data2 ("IRG_2498_...
RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）
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weixin_41368414的博客
06-23 1万+
RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA） 近一年发文量最高的方法之单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）
单基因gsea_基于ssGSEA（单样本GSEA）的免疫基因集文章套路
weixin_39869693的博客
11-21 4696
基于ssGSEA（单样本GSEA）的免疫基因集文章套路 --生信自学网光俊今天我们给大家介绍下生信自学网的” 基于ssGSEA的免疫基因集文章套路”课程，该课程根据最新发表的5.6分纯生信文章录制。该课程的核心思想是通过ssGSEA方法，得到每个样品中29种免疫...
生物信息学数据库
悟道西方
11-22 9710
生物信息学数据库分类概览 Meta databases Model organism databases Nucleic acid databases 3.1 DNA databases 3.2 Gene expression databases (mostly microarray data) 3.3 Phenotype databases 3.4 RNA databases Amino ac...
MSigDB数据库
weixin_59289660的博客
08-05 8017
包括H（hallmarker gene sets）、C1（positional gene sets）、C2（curated gene sets）等。分子特征数据库 (MSigDB) 是一个收录了带有注释的基因集的数据库，可与 GSEA 软件一起使用。1、在“Search Gene Sets”界面“Keywords”框中输入关键词，如“lactate”3、使用R包clusterProfiler读取.gmt文件。2、选中所需的基因集，并选择导出.gmt文件。MSigDB中的所有基因集被划分为。.........
学习数据库记录
immct的博客
08-17 489
这周学的关系型数据库。一周学完数据库，也太快了。而且还是我不喜欢的oracle。造成的结果是，教的是增删改查，而我增删改查都没搞熟练。。 说正事。数据库，就是个存数据的地儿。平时的时候，程序产生的数据要存储到硬盘上可是麻烦的很呢。直接存储到文件里，一方面要自己构思格式如何存储和提取，一方面二次修改和开发都不方便。格式定死了还行，就一个个数组，字典啥的存到文件上。一旦要修改字段，又要大费干戈。因此...
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