pymol pymol-align两分子或蛋白距离误差计算RMSD；spyrmsd库计算RMSD

参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/347743101
https://www.codenong.com/cs106148400/

RMSD

单位是埃 RMSD,root-mean-square deviation，也就是均方根偏差。 原子位置的均方根偏差是叠加蛋白质的原子（通常是骨架原子）之间的平均距离的量度。注意，RMSD计算可以应用于其他非蛋白质分子，如小的有机分子。在球状蛋白质构象的研究中，通常在刚体进行完叠加后通过计算Cα原子坐标之间的RMSD来表征三维结构的相似性。 等式：

通常，RMSD用作两种或更多种蛋白质结构之间相似性的定量测量，通常越低越好。

命令行

#rank1, 4o75_ligand是两个分子
align rank1, 4o75_ligand

另外方法：
pymol 加载python计算代码：