正交偏最小二乘判别分析（Orthogonal Partial Least Squares Discriminant Analysis, OPLS-DA）

正交偏最小二乘判别分析（Orthogonal Partial Least Squares Discriminant Analysis, OPLS-DA）是一种多变量统计分析方法，主要用于分类和特征选择，尤其在代谢组学和组学数据分析中非常有用。OPLS-DA结合了偏最小二乘回归（PLSR）和正交信号校正（OSC）两种技术，旨在区分不同组别的样本，并识别影响组别分类的关键变量。

一、OPLS-DA原理

1. 数据分解：OPLS-DA将X矩阵（样本的预测变量矩阵）分解为两个部分：与响应变量Y相关的预测主成分（Predictive Components）和与Y无关的正交主成分（Orthogonal Components）。
2. 预测主成分：与Y变量相关的变量信息，用于预测和解释组间差异。
3. 正交主成分：与Y变量不相关的变量信息，用于解释组内差异，同时排除与组别无关的变量影响。
4. 特征选择：通过OPLS-DA分析，可以为每个变量计算一个变量重要性投影（Variable Importance in Projection, VIP）值，VIP值越大，表示该变量对区分组别贡献越大。

二、应用场景

正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）的应用场景非常广泛，以下是一些主要的应用领域：

1. 代谢组学研究：OPLS-DA在代谢组学中用于分析生物样本（如血液、尿液、组织等）的代谢物组成，以识别不同生物学状态（如健康与疾病）之间的差异代谢物。
2. 疾病诊断与分类：通过分析病人样本的代谢组数据，OPLS-DA有助于诊断疾病并区分不同疾病状态，从而有助于临床决策和治疗。
3. 药物研发：在药物发现和开发过程中，OPLS-DA可以用来筛选药物作用的生物标志物，评估药物效果及副作用。
4. 食品安全与质量控制：OPLS-DA可以应用于食品成分分析，鉴别食品的真伪和质量，例如区分不同地理来源的食品。
5. 环境科学：在环境监测中，OPLS-DA可用于分析环境样本（如土壤、水体等），以识别污染物和评估环境风险。
6. 农业科学：在农业领域，OPLS-DA可以用于作物品质分析，区分不同品种或栽培条件下的作物。
7. 经济预测：在经济学中，OPLS-DA可以用于分析经济指标，预测市场趋势或评估经济政策的影响。
8. 化学计量学：在化学分析中，OPLS-DA用于处理复杂的化学数据，优化分析方法和提高分析的准确性。
9. 生物信息学：在基因表达数据分析中，OPLS-DA有助于识别与特定生物学过程或疾病相关的基因。
10. 临床研究：在临床研究中，OPLS-DA可以用于分析临床样本，以发现与疾病相关的生物标志物，帮助疾病的早期诊断和治疗监测。
    OPLS-DA作为一种强大的多变量分析工具，通过结合预测变量和响应变量的信息，能够有效地处理复杂数据集，并在多个领域中发挥重要作用。

三、实施步骤

正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）的实施步骤通常包括以下几个阶段：

1. 数据准备：
   • 收集样本数据，包括代谢物表达量数据（X矩阵）和样本分类信息（Y矩阵）。
   • 对数据进行预处理，如标准化或归一化，以消除量纲影响和数据异质性。
2. 模型建立：
   • 利用X矩阵和Y矩阵建立OPLS-DA模型。
   • X矩阵被分解为与响应变量Y相关的预测成分（Tp）和与Y无关的正交成分（To）。
3. 模型校正：
   • 通过正交信号校正（OSC）过程去除与Y无关的变异，即计算正交成分To。
   • OSC有助于提高模型的解释力和预测力，同时减少噪音和不相关变异的影响。
4. 模型参数计算：
   • 计算模型参数，包括预测成分和正交成分的载荷（P）和得分（T）。
   • 计算每个变量的变量重要性投影（VIP）值，以评估变量对模型的贡献。
5. 模型验证：
   • 使用置换检验（Permutation Test）或交叉验证（如K折交叉验证）来评估模型的稳定性和预测能力。
   • 计算模型的R²X、R²Y和Q²值，以评价模型对X矩阵和Y矩阵的解释率及预测能力。
6. 结果解释：
   • 根据OPLS-DA得分图分析样本之间的差异和分类情况。
   • 利用S-plot图识别与分类最相关的代谢物。
   • 根据VIP值筛选出对分类有显著贡献的差异代谢物。
7. 差异代谢物分析：
   • 对筛选出的差异代谢物进行进一步的生物学意义分析。
   • 可能包括代谢通路分析、功能注释和与已知生物学过程的关联分析。
8. 报告撰写：
   • 撰写分析报告，包括方法、结果、结论和讨论等部分。
   • 报告中应详细说明模型的建立、验证和解释过程。
9. 后续研究：
   • 根据OPLS-DA分析结果，设计后续实验以验证关键代谢物的功能和机制。
   • 可能包括实验验证、临床样本测试或进一步的机理研究。
     OPLS-DA是一种综合了PLS-DA和OSC的分析方法，它通过逐步分析和模型验证，有助于在复杂数据集中识别和解释与特定响应变量相关的模式和关系。

四、结果解读

得分图：OPLS-DA得分图展示了样本在预测主成分和正交主成分上的分布，通过得分图可以直观地观察不同组别之间的差异。

• S-plot图：S-plot图是一种用于识别和解释OPLS-DA模型中重要变量的工具，横坐标表示协方差，纵坐标表示相关系数，可以揭示变量与组别分类的相关性。
• 模型验证：OPLS-DA模型的好坏可以通过R2X、R2Y和Q2等参数进行评估，其中Q2表示模型的预测能力，Q2 > 0.5通常被认为是有效模型，Q2 > 0.9则表示模型非常出色。

五、软件工具

正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）可以通过多种软件工具实现，这些工具包括但不限于：

1. R语言：提供了ropls包来实现PCA、PLS(-DA)和OPLS(-DA)方法。该包包括R²和Q²质量指标、VIP值的计算，以及用于异常值检测的分数和正交距离等图形。
2. SIMCA：SIMCA是一款专业的统计分析软件，用于多元数据分析，包括OPLS-DA。它提供了创建OPLS-DA模型的功能，并通过图形用户界面（GUI）简化了操作步骤。
3. XploreMET：XploreMET是一款常用于代谢组学数据分析的软件，它支持OPLS-DA分析，并提供了数据归一化、模型建立、评价和差异代谢物筛选等功能。
4. 生科云 (BioinCloud)：生科云是一个提供多种生信分析工具的云平台，其中包括OPLS-DA分析工具。用户可以上传样本分组和丰度表，进行数据标准化校正，并执行OPLS-DA分析。
5. 开泰生物生信云：开泰生物提供的生信云平台也支持OPLS-DA分析，该平台提供了操作演示，帮助用户理解如何使用该工具进行数据分析。

OPLS-DA是一种强大的分析工具，它通过结合预测和正交成分，提供了一种有效的方法来识别和解释数据中的模式和关系，尤其适用于复杂数据集的分类和特征选择。