BLAST算法（Basic Local Alignment Search Tool）

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于 2024-06-08 08:00:00 发布

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分类专栏：数据科学文章标签：算法 BLAST

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BLAST算法（Basic Local Alignment Search Tool），是一种在生物信息学领域广泛使用的序列比对搜索工具。它是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发和管理的，主要功能是将输入的核酸或蛋白质序列与数据库中的已知序列进行比对，以获得序列相似度等信息，进而判断序列的来源或进化关系。

一、BLAST算法详述

序列比对的目的：通过比对相似的序列来推断未知序列的功能或演化分析中构建演化树。
算法原理：BLAST算法使用启发式方法，通过Seeding、Matching、Extending三个步骤来实现高效的序列比对。
- Seeding：将查询序列按照一定长度拆分成多个连续的’seed words’，例如蛋白质序列通常以三个氨基酸为一个seed word。
- Matching：通过索引找到目标序列中与seed相同的位置，从而确定序列相似的部分。
- Extending：使用动态规划算法如Smith-Waterman或Needleman-Wunsch算法向两边延伸seed word，直到得分低于设定阀值，获取最长的序列作为比对结果。
统计显著性检验：为了避免假阳性，BLAST算法还会进行统计显著性检验。
PSI-BLAST：一种迭代的BLAST算法，可以用于发现序列中的新保守区域。

二、优缺点

优点：

速度快：BLAST算法通过启发式方法来快速找到序列之间的局部相似性，这使得它在处理大规模数据库时具有很高的效率。
准确度高：尽管是启发式方法，BLAST仍然能够保持较高的比对准确性。
广泛应用：BLAST被广泛应用于基因注释、蛋白质结构预测、序列比对等多个领域。
灵活性：BLAST算法有多种变体，如BLASTp、BLASTn、BLASTx、tBLASTn和tBLASTx，适用于不同类型的序列比对。
易于使用：BLAST提供了在线工具和本地软件，用户界面友好，易于使用。

缺点：

计算复杂度较高：对于实际生物数据处理，BLAST算法的计算复杂度较高，可能需要高性能计算机或云计算平台。
可能遗漏远源序列：标准BLAST在追求速度的同时可能会牺牲一定的准确度，有时可能会遗漏一些远源序列。
对参数敏感：BLAST算法的结果可能对种子长度、打分矩阵和阈值等参数设置较为敏感，不同的参数设置可能会影响搜索结果。
局部比对限制：BLAST主要关注局部比对，可能无法找到全局上的最优比对结果。
统计显著性检验的挑战：由于序列的随机性，BLAST需要使用E值来评估比对的统计显著性，但这个评估过程可能存在一定的复杂性。
尽管存在一些局限性，BLAST算法仍然是生物信息学研究中不可或缺的工具之一，其优点在很多情况下使其成为首选的序列比对方法。

三、应用场景

BLAST算法（Basic Local Alignment Search Tool）的应用场景非常广泛：

基因组比对：BLAST可以用于比对不同种类的基因组，以识别共有基因和特异性基因。
基因注释：通过比对已知基因序列，BLAST有助于识别新发现基因的潜在功能和来源。
蛋白质结构预测：BLAST可用于预测蛋白质的三维结构，通过比对已知结构的蛋白质序列来推断未知序列的结构特征。
序列相似性搜索：BLAST能够在大规模的序列数据库中快速查找与给定序列相似的序列，用于识别同源基因或保守区域。
新基因的发现：通过比对已知基因序列，BLAST有助于发现新的基因或基因家族成员。
功能预测：通过比对已知功能的序列，BLAST可以预测未知序列的生物学功能。
进化分析：BLAST可用于构建演化树，通过比对序列的相似性来推断物种之间的进化关系。
个性化输出格式：BLAST提供了多种输出格式选项，用户可以根据需求自定义输出结果，如对齐序列、统计数据等。
本地和远程数据库搜索：BLAST支持使用本地数据库或远程数据库进行比对，增加了使用的灵活性。
网页BLAST工具：存在多种网页版BLAST工具，如Sequenceserver，可以构建本地的BLAST网页工具，方便用户使用。
BLAST算法因其高效性和灵活性，在生物信息学研究和应用中扮演着重要角色。

四、Python应用

BLAST算法可以通过Python实现，主要通过Biopython库来完成。Biopython是一个用于生物计算的Python库，它提供了丰富的工具来处理生物数据，包括运行BLAST搜索。以下是使用Python实现BLAST算法的基本步骤：

安装Biopython库：
使用pip命令安装Biopython库：
```
pip install biopython
```
使用NCBIWWW模块提交BLAST查询：
使用Bio.Blast.NCBIWWW模块中的qblast()函数来调用在线版本的BLAST。这个函数有三个参数：搜索的BLAST程序（如blastn）、要搜索的数据库（如nt）、以及查询序列的字符串。
```
from Bio.Blast import NCBIWWW

# 进行BLAST比对
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", "ACGTGAGGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGC")
```
获取BLAST结果：
BLAST结果可以通过不同的格式返回，包括XML、HTML、Text等。默认格式是XML。可以通过format_type参数来指定返回的格式。

解析BLAST结果：
使用Bio.Blast.NCBIXML模块来解析BLAST返回的结果。如果结果存储在文件中，可以打开文件并使用read()或parse()函数来读取和解析结果。

from Bio.Blast import NCBIXML

# 读取BLAST比对结果
blast_record = NCBIXML.read(result_handle)

# 输出比对结果
for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
        print('Alignment')
        print('sequence:', alignment.title)
        print('length:', alignment.length)
        print('e value:', hsp.expect)
        print(hsp.query[0:75] + '...')
        print(hsp.match[0:75] + '...')
        print(hsp.sbjct[0:75] + '...')

处理和分析BLAST结果：
解析后的结果可以进一步处理和分析，例如筛选具有特定E值阈值的匹配项，或者提取特定的比对特征。
请注意，上述代码示例中的序列是一个简单的示例序列，实际使用时应替换为所需的查询序列。此外，BLAST的在线服务可能会有使用限制，对于大规模或频繁的查询，可能需要考虑使用本地BLAST安装和数据库。
BLAST算法因其高效的搜索速度和广泛的应用范围，在生物信息学研究中发挥着重要作用。