tRNAdb:综合序列和二级结构的tRNA数据库

最新推荐文章于 2025-05-29 10:00:29 发布
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tRNAdb是一个包含577个物种12000个tRNA基因和104个物种623条序列的综合数据库，提供进化树浏览器和条件检索框两种检索方式。用户可以通过物种、氨基酸类型、二级结构等条件查找tRNA信息，每个记录详细展示二级结构的各个区域，如Acc-stem、D-stem等。检索结果支持下载和二级结构查看。

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tRNAdb 收录了来自577个物种的12000个tRNA基因和来自104个物种的623条tRNA序列，除了基本的序列信息外，还提供了二级结构的数据。

官网链接如下

http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/

官网提供了两种检索数据的方式，第一种是物种的进化树浏览器，第二种是条件检索框。

1. 进化树浏览器

tRNAdb提供了进化树的浏览方式，点击+展开次级分类，从而查找某个具体的物种。

2. 条件检索框

提供了多种条件检索方式，可以按照基因/序列进行筛选，也可以按照转运的氨基酸类型，甚至是按照二级结构检索，示意图如下

检索结果示意图如下

检索结果中给出了物种和转运的氨基酸类型等基本信息，其中序列信息以二级结构不同区域进行了划分。tRNA的二级结构是一个三叶草的形状， 示意图如下

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