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转录调控是一种重要的调控机制,转录因子对基因的表达调控是其中研究的最广泛的一个领域。研究转录因子,最经典的数据库就是TRANFAC数据库,网址如下
http://gene-regulation.com/
该数据库中不仅收录了转录因子和对应的家族信息,也收录了转录因子调控的基因以及转录因子结合位点TFBS等信息。该数据库有以下两个版本
Professional
Public
两个版本的比较如下
public版本是免费开工的,但是收录的数据少很多,而且2005年之后就不在更新了。Professional数据多,功能强大,但是收费的。
虽然两个版本数据量不同,但是数据的组织和展示形式是一样的,可以通过Public来了解下其中的信息,使用public数据库是需要登录的,登录之后,可以看到如下的检索页面
public版本中,将转录因子相关信息进行了分类整体,共分成以下6种类型
Factor
Class
Matrix
Site
Cell