生信豆芽菜-单/多变量cox分析

最新推荐文章于 2024-04-24 11:17:03 发布
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文章标签： r语言 数据挖掘 数据分析 算法
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43949246/article/details/132710043
版权

网址：http://www.sxdyc.com/coxAnalyse
一、简介
COX比例风险模型（cox proportional-hazards model）是英国统计学家D.R.COX于1972年提出的一种半参数回归模型，它可同时研究多个风险因素和事件结局发生情况、发生时间的关系，从而克服了简单生存分析中单因素限制的不足。
通过R语言survival包计算单/多个基因/特征与预后的关系
二、使用方法
1、数据准备
第一个文件：行为基因，列为样本的表达谱矩阵，其实第一列不能重名；
在这里插入图片描述

第二个文件：生存数据；第一列为样本名，第二列为生存时间（可以是天/月/年），第三列为生存状态
在这里插入图片描述

2、选择单变量cox分析还是多变量cox分析，直接提交即可
在这里插入图片描述

三、结果
运行完成后即可下载
在这里插入图片描述

当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析

在这里插入图片描述

木之如水
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R语言中生物基因的富集分析 给生物信息学的爱好者
生信分析（1）：单变量+多变量COX分析
DJXtxdy的博客
07-22 1万+
从TCGA上下载数据库和临床数据之后，往往需要进行COX分析，一般的分析思路是先进行单变量，在进行多变量的分析。然而，当关注的基因比较多是，手动输入就会比较麻烦。接下来介绍一种利用循环的方法，快速的对多个变量进行分析。 首先是导入数据，包括基因表达counts数据和临床数据sur，autophage是我下的一个自噬基因集，可根据需要替换为其他需要分析的基因列表，以及要用到的包： setwd("D:/A1/Rdata/Autophage/胰腺癌") library("survival") library
生信分析R语言助力作图----单基因批量相关性分析
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单基因批量相关性分析 嘻嘻嘻~~~，晚上秒变生信分析小白，一个游走在生物学和计算机变成之间的小白，享受着里面的快乐和痛苦。不停的挣扎，不停的成长，多学习，多尝试，一定会有意想不到的收获。加油!!! 首先，需要先说明的是本作图经验，完全模仿于果子学生信的一篇博文，所以先把链接丢在这里啦，自己写这篇博文，也完全是为了记录这个操作过程，好在下次需要的时候，更好的去回忆。话不多说，开始表演。 https:...
生信豆芽菜数据分析平台-模型构建
weixin_43949246的博客
05-22 415
lasso分析主要是为了进一步压缩基因的数量，从侧面来说可以去掉一个共线性表达的基因，其实就是一个去重的过程，这里的去重并不是单纯的名字的重复，而是表达模式的相似。点击提交就可以等待运行完成，默认选择p<0.05筛选预后相关的基因，可以根据自己的需求进行修改，常见的<0.01,<0.005,<0.001,<0.0001等等。时间仓促，我们加班加点在上线各个工具，如果喜欢豆芽菜的分析网站，可以推荐给身边的朋友哦！这里的选择特征基因主要是基于二分类的分组进行的，如果是预后模型，可使用患者的存活状态进行分析。
（生物信息学）R语言与统计学入门（九）—— 单因素cox回归分析
weixin_46500027的博客
04-26 1万+
​ COX回归模型，又称“比例风险回归模型(proportional hazards model，简称Cox模型)”，是由英国统计学家D.R.Cox(1972)年提出的一种半参数回归模型。该模型以生存结局和生存时间为因变量，可同时分析众多因素对生存期的影响，能分析带有截尾生存时间的资料，且不要求估计资料的生存分布类型。由于上述优良性质，该模型自问世以来，在医学随访研究中得到广泛的应用，是迄今生存分析中应用最多的多因素分析方法。 ​
生存分析原理简明教程 单因素生存分析 Kaplan-Meier、LogRank 只能针对单一的变量进行 多因素cox回归分析
生信小博士的博客
09-28 1万+
这些具体事件可以是死亡，也可以是肿瘤转移、复发、病人出院、重新入院等任何可以明确识别的事件，而不同条件即为不同的分组依据，可以是年龄、性别、地域、某个基因表达量的高低、某个突变的携带与否等等。下图是钟南山院士在对欧洲呼吸学会针对 Covid-19 的报告中提到的研究结果，他们对湖北省内和省外的病人从开始症状到入院时间做了分析，从发生症状开始，入院则是我们刚才讲的 event 事件，而湖北省内外则是不同的分组条件。图中还提到，
生信质控分析-FastQC
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华中科技大学生信专业课件.基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列...
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CIBERSORT算法的结果表明，与亚型2相比，亚型1表现出更高的记忆激活CD4 T细胞，滤泡辅助性T细胞，M2巨噬细胞，活化的树突状细胞和静息肥大细胞的水平（图11）。结果显示，达沙替尼、多西他赛、伊马替尼和帕唑帕尼在高TILRGS亚组中的IC50值低于低TILRGS亚组（图8a），这意味着高TILRGS亚组的患者可以从上述化疗中获益更多，而吉非替尼，博舒替尼，吉西他滨和甲氨蝶呤的IC50值在低TILRGS亚组中较低（图8b），表明低TILRGS亚组的患者可以从上述化疗中获得更多益处。
关于cox单因素与多因素分析
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#写在前面 说来惭愧，跟师姐聊天的时候，我按照传统的生信思路把临床特征做风险打分，然后定义高低风险打分，接着就是标准的生存图、森林图了。在做到森林图的时候，忽然被问到，单因素与多因素的区别。我按照原有的知识体系说是单因素就单个变量与生存的cox回归，而多因素则是将单因素显著的部分提取出来作为自变量做cox，也就是说多因素的cox是有多个自变量的。当被问到为什么要做多因素时，我想了一下说是为了去除共线性的问题，也就是a再做单因素分析时可能为显著，但是是其他变量带来的协同效应，所以再进入多因素cox回归后，如果
实战 lasso特征筛选得到5个基因 cox单因素分析得到很多有意义的基因 如何lasso筛选特征基因 然后再进行cox多因素分析
生信小博士的博客
10-17 1万+
Lasso + Cox 生存分析模式Lasso可以在模型参数估计的同时实现变量的选择，能够较好的解决回归分析中的多重共线性问题，并且能够很好的解释结果。Lasso回归算法使用L1范数进行收缩惩罚，对一些对于因变量贡献不大的变量系数进行罚分矫正，将一些不太重要的变量的系数压缩为0，保留重要变量的系数大于0，以减少Cox回归中协变量的个数。
R version 4.1.0 安装ggplot2，options(pkgType=“binary“) install.packages(“ggplot2“)
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一个联合均值与方差模型的R包——dglm
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使其适用于处理具有复杂异方差性（方差随均值变化）的数据。dglm 包提供了一个强大的框架，能够扩展传统的广义线性模型（GLM）以包含额外的分布族（这里，predict() 函数使用拟合后的模型和新数据进行预测，type = “response” 表示预测的是响应变量的值。下面的代码生成了响应变量 y，其均值由 x 控制，方差由另一个预测变量 z 控制。这个例子将使用模拟数据，包括响应变量和两个预测变量，来模拟和解释使用过程。下面，我将提供一个实例，演示如何在正态分布假设下使用 dglm 包拟和。
R语言 数据的整理与清洗（第二篇）
yangyulu1998的博客
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1、重新编码分类变量 categorical variable。也可以使用R的字符串搜索和替换函数来重新映射字符向量中的值。测量值<7的标记为“低”，将>=7的标记为“高”假设要添加一个新列，其中包含三个度量值的总和。的值，它也会匹配，而替换将是。如果没有它们，如果有一个名为。第二种方法：用R内置函数来做。是为了确保整个字符串匹配。或从现有数据列计算新数据列。最简单的方法是使用来自于。最简单的方法是使用来自。，并把它放在一个新列中。也可以用R的内置函数来。
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youyouxiong的博客
04-16 1305
在R语言中进行数据分析通常涉及数据的导入、清洗、探索、建模和可视化等步骤。
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04-20 385
我们在这个表中添加一个 bmi 数据方式，写好数据格式就可以了。点击这个黄色的按钮就可以弹出外部链接的方式。我们可以从数据表格中选出需要的数据方式。r语言数据方式必须创建的这个方式。bmi 我们也可以写成公式的方式。我们创建一个三行三列的数据方式。在后面可以加入 n 到参数。创建一个数据框的方式。
程序猿成长之路之数据挖掘篇——朴素贝叶斯
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什么是朴素贝叶斯官话：朴素贝叶斯(naive Bayes)算法是基于贝叶斯定理与特征条件独立假设的分类方法。对于给定的训练数据集，首先基于特征条件独立假设学习输入输出的联合概率分布。然后基于此模型，对给定的输入x，利用贝叶斯定理求出后验概率最大的输出y。不同于其他分类器，朴素贝叶斯是一种基于概率理论的分类算法；用个人的话来说：朴素贝叶斯就是基于概率大小进行分类判断的一种方式。就如同上面的西瓜分类，好瓜概率大就认定为是好瓜，否则就认定为坏瓜。先验概率、似然概率和后验概率。
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