3. What PEST Does

3. What PEST Does .................................................................................................................35 3.1 General ..........................................................................................................................35

3.2 The PEST Control File..................................................................................................35

3.2.1 General ..................................................................................................................35

3.2.2 Sections of the PEST Control File ........................................................................35

3.2.3 Naming Conventions.............................................................................................37

3.3 Modes of Operation.......................................................................................................37

3.3.1 General ..................................................................................................................37

3.3.2 Estimation Mode ...................................................................................................38

3.3.3 Regularisation Mode .............................................................................................39

3.3.4 Predictive Analysis Mode .....................................................................................39

3.3.5 Pareto Mode ..........................................................................................................40

3.3.6 Another “Mode”....................................................................................................40

3.4 Parameter Adjustment...................................................................................................40

3.4.1 General ..................................................................................................................40

3.4.2 Parameter Transformation.....................................................................................41

3.4.3 Fixed and Tied Parameters....................................................................................41

3.4.4 Upper and Lower Parameter Bounds ....................................................................41

3.4.5 Optional Alternative Bounds Accommodation .....................................................42

3.4.6 Scale and Offset ....................................................................................................43

3.4.7 Global Parameter Scaling......................................................................................44

3.4.8 Parameter Change Limits......................................................................................44

3.4.9 Damping of Parameter Changes............................................................................46

3.5 The Calculation of Derivatives .....................................................................................47

3.5.1 General ..................................................................................................................47

3.5.2 Forward, Central and Five-Point Differences.......................................................48

3.5.3 Parameter Increments for Two and Three-Point Derivatives................................50

3.5.4 Settings for Higher Order Derivatives ..................................................................51

3.5.5 How to Obtain Derivatives You Can Trust...........................................................52

3.5.6 Looking at Model Outputs under the Magnifying Glass.......................................54

3.5.7 Split Slope Analysis..............................................................................................55

3.5.8 Model-Calculated Derivatives...............................................................................57

3.5.9 Using a Surrogate Model for Derivatives Calculation ..........................................57

3.6 The Jacobian Matrix File ..............................................................................................57

3.7 The Objective Function.................................................................................................58

3.7.1 Weights..................................................................................................................58

3.7.2 Covariance Matrices..............................................................................................59

3. What PEST Does

3.1 General

本章概述了PEST的作用。在解释其操作细节之前，需要对其操作有一个大致的了解，并且在描述如何更改其操作细节以适应您自己的建模和反演目的之前。

PEST及其实用程序支持软件所基于的所有理论都在Doherty(2015)(即“PEST书”)中提出，本手册中将不再重复。然而，在必要的地方，这里将引用PEST书中的方程，以便您可以轻松地将PEST操作的各个方面与支持它们的理论联系起来。

在适用的情况下，控制PEST执行方式的变量将在下面的概述中提到。这些变量驻留在PEST控制文件中。虽然后面的章节将详细描述这个文件，但下面介绍它是为了为本章的主题设置一个上下文。

正如在本文的介绍中所讨论的，支持和补充PEST使用的实用软件在本手册的第二部分中有记录。PEST手册的第一部分(即您现在正在阅读的文档)描述了PEST本身、全局SCEUA_P和CMAES_P优化器以及非常基本的SENSAN灵敏度分析器。

3.2 PEST控制文件

3.2.1 General

PEST需要三种类型的输入文件。前一章讨论了其中的两个，即模板文件和指令文件。对于任何特定的PEST运行，必须提供尽可能多的这些文件，因为存在驻留参数的模型输入文件和必须从中读取数字的模型输出文件。然而，只有一个PEST控制文件。

PEST控制文件的规格以及该文件中可能出现的所有变量的名称在本文附录A中提供，并在第5章中进行了详细讨论。

PEST控制文件分为几个部分。其中一些部分是可选的。这些部分中的一些变量是可选的。可选变量在附录A的图A1.1中用方括号括起来。

出现在PEST控制文件中提供PEST控制变量值的数字和文本字符串必须用一个或多个空格分隔。它们由PEST使用自由字段格式读取。所有文本都不区分大小写，无论是表示节头还是控制变量的值。

PEST控制文件的第一行必须只包含字符“pcf”，这代表“PEST控制文件”。

3.2.2 PEST控制文件的章节

PEST控制文件的每个部分必须以单行文本开始，包括该部分的标题。该行必须以“*”字符开头，后面必须紧接一个空格。必须按照图A1.1所示精确地提供这些前导字符后面的文本。

表3.1提供了在PEST、控制文件和这些部分扮演的角色中出现的部分。section的出现顺序必须与它们在该表中的出现顺序相同。

表3.1 PEST控制文件的部分。

3.2.3命名约定

PEST控制文件的扩展名必须是“。pst”。您可以自己选择文件名库。让" case "代表您选择的文件名库。然后将PEST控制文件命名为case.pst。

在运行时，PEST会生成许多文件。它写入的文件的数量和类型取决于它的操作模式，以及模型运行是否并行。这些文件中的许多具有与PEST控制文件相同的文件名基。因此，例如，如果case被用来表示PEST控制文件的文件名基础，那么PEST记录的运行记录文件就被命名为case。而用于存储雅可比矩阵的二进制文件名为case.jco。

本文件的附录B提供了PEST编写的完整文件列表。

3.3操作方式

3.3.1 General

3.3.2 Estimation Mode

3.3.3正则化模式

3.3.4预测分析模式

3.3.5帕累托模式

3.3.6另一种“模式”

3.4参数调整

3.4.1 General

3.4.2参数转换

3.4.3固定参数和绑定参数

3.4.4参数上下限

3.4.5可选的边界调整

3.4.6缩放和偏移

3.4.7全局参数缩放

3.4.8参数修改限制

3.4.9参数变化的阻尼

3.5导数的计算

3.5.1 General

3.5.2前向、中心和五点差异

3.5.3两点导数和三点导数的参数增量

3.5.4高阶导数设置

3.5.5如何获得值得信任的衍生品

3.5.6在放大镜下观察模型输出

3.5.7拆分斜率分析

3.5.8模型计算导数

3.5.9使用代理模型计算导数

3.6雅可比矩阵文件

3.7目标函数

3.7.1权重

3.7.2协方差矩阵