葡萄参考基因组

最新推荐文章于 2024-10-02 01:53:57 发布
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分类专栏： 基因组 生物信息学 文章标签： 葡萄基因组
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模式物种葡萄的T2T级别参考基因组

模式物种葡萄基因组（T2T）--文献精读29

01 参考葡萄基因组官网1
http://vitisgdb.ynau.edu.cn/    #edu系列官网1
http://vitisgdb.ynau.edu.cn/downloads.html    #官网下载页

https://grapedia.org/    #另一家官网2

基因组文件下载

02 另一家T2T参考基因组官网2

T2T基因组下载

https://zenodo.org/records/7751391#.ZBgVmcJBy3A

茄科四个参考基因组-文献精读41
weixin_44874487的博客
08-31 1556
东莨菪碱和莨菪碱（HS）是两种具有重要药用价值的莨菪烷生物碱，它们存在于茄科家族中多个关系较远的谱系中。在本研究中，我们测序了来自这些谱系的三种代表性HS产生物种的基因组，以及一种不产生HS的物种。我们的分析揭示了这三种HS产生物种中共同负责HS合成的生物合成途径。我们观察到在茄科家族中两类物种中与HS合成相关的基因高度共线性。通过在关键位点引入功能获得和功能丧失突变，我们分别验证了两类物种中与HS合成相关的关键基因功能的减少/丧失或重新激活。
酿酒葡萄萜烯糖基转移酶基因VvGT14启动子
02-15
通过生物信息学对启动子的功能进行预测，可以为了解基因表达调控机制提供重要的参考依据。在对VvGT14启动子的研究中，利用生物信息学的方法分析了其结构和功能，进一步揭示了基因表达调控的潜在机制。 ### 科学论文...
模式物种葡萄基因组（T2T）--文献精读29
weixin_44874487的博客
07-11 800
葡萄是全球最具经济重要性的作物之一。然而，以往版本的葡萄参考基因组通常由成千上万个片段组成，缺失着丝粒和端粒，限制了重复序列、着丝粒和端粒区域的可及性，以及这些区域中重要农艺性状的遗传研究。在此，我们利用PacBio HiFi长读长序列为品种PN40024组装了一个从端粒到端粒（T2T）无间隙的参考基因组。该T2T参考基因组（PN_T2T）比12X.v0版本长69 Mb，且鉴定出更多的9018个基因。我们注释了67%的重复序列、19个着丝粒和36个端粒，并将之前版本的基因注释整合到PN_T2T组装中。
部分植物基因组数据库汇总
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牛年大吉植物基因组数据库：1、NCBI中的genome，直接下载NCBI上的基因组文件ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/2、植物基因组数据库（包含约30...
参考基因组中的特殊序列
GeekFocus
10-18 888
若参考基因组序列不包含chr*random 和 chrUn序列，原来属于chrrandom 和 chrUn的read可能比对到chr1-22，chrX，chrY上相似区域，造成假阳性比对，后续这些reads提供的信息不可靠。通过增加这一部分参考序列，使来自这些区域的reads正确比对，减少假阳性。后续分析不考虑chrrandom 和 chrUn*。 human GRCh37 “unlocalized sequences”：知道染色体但不知具体位置的序列 “unplaced sequences”：知道来自人类
人类参考基因组38版与19版有什么区别？
wyhua2008的博客
08-31 1595
已有研究表明，GC含量会影响Illumina测序的效率，并影响后续的分析，如CNV的检测，而CNV的检测严重依赖于深度覆盖。文章还指出，GRCh38在基因组分析中的准确性和可靠性的提高，不仅得益于基因组组装的改进，还得益于参考基因组中的多样性。与GRCh37相比，GRCh38改变了8000个bp，纠正了几个错误组装的区域，填补了空白，增加了着丝粒序列，在178个区域组装了261条alternate loci，丰富了基因组的多样性。在检测的24条染色体中，16条GRCh38的核苷酸计数减少，8条增加。
甘蔗基因组--文献精读30
weixin_44874487的博客
07-11 581
甘蔗是一种具有重要经济和工业价值的作物。然而，由于其高倍性和两个亚基因组之间广泛的重组，栽培甘蔗的超复杂基因组仍未得到解决。在这里，我们为杂交甘蔗品种中蔗1号生成了染色体级、单倍型解析的基因组组装。该组装包含10.4 Gb的基因组序列和68,509个注释基因，这些基因分布在99条原始染色体和15条重组染色体中的两个亚基因组中。RNA-seq数据分析显示，与糖积累相关的基因家族主要从ZZSO亚基因组扩展出来。然而，响应pokkah boeng病易感性的基因主要来自ZZSS亚基因组。
红花基因组-文献精读27
weixin_44874487的博客
05-30 1178
红花（Carthamus tinctorius）因其种子和花朵而在全球广泛种植。种子中的亚油酸（LA）和花中的水溶性红花黄A（HSYA）是红花可用于工业和药用的关键性状。了解这些性状的遗传控制对于优化红花的品质及其育种至关重要。为了推进这项研究，我们呈现了一种红花品种“川红花1”的染色体级基因组组装，该组装是通过整合Illumina、Oxford Nanopore和Hi-C测序技术实现的。我们获得了1.17 Gb的组装，其contig N50为1.08 Mb，并将所有组装序列分配到12个拟染色体上。
植物泛基因组学及其应用-文献精读56（地表最强综述）
weixin_44874487的博客
10-02 962
植物基因组具有高度多样性，以至于个体之间有相当一部分基因组序列不共享。这些可变的DNA序列与保守的核心序列一起，构成了更复杂的泛基因组，代表了物种中所有非冗余DNA的集合。随着基因组测序技术的快速进展，植物泛基因组研究正在加速推进。在此，我们回顾了植物泛基因组学的最新进展，包括构成可变序列的结构变异的主要驱动因素、用于展示泛基因组的方法创新，以及构建植物泛基因组的重大成果。我们还总结了近期在解码端粒到端粒或无缺口植物基因组中的“暗物质”方面的努力。
忽地笑α-葡萄糖苷酶2编码基因的分子克隆与原核表达.pdf
12-18
这一成果不仅为后续深入研究LaAgl2蛋白质的功能及其在忽地笑种子萌发与生长发育中的作用奠定了坚实的基础，也为探索α-葡萄糖苷酶在植物体内的具体作用机制提供了重要的参考依据。 综上所述，该研究通过对忽地笑α-...
"宿主微生物组基因组突变：协同进化与适应性进化研究综述
工程20（2023）96微生态学研究综述宿主微生物组内的基因组突变：适应性进化或纯化选择张嘉超a，b，张佳超，Rob Knightb，c，d，e，张佳超a海南大学食品科学与工程学院，海口570228b美国加州大学圣地亚哥分校儿科系，...
肺癌中RPL9和LIAS基因组学和分子分析
医学信息学解锁25（2021）100698肺癌中RPL9和LIAS的基因组学和分子分析癌发生的新意义ZodwaDlamini a，d，*，Rahaba Marima a，Rodney Hull a，Konstantinos N. Syrigos c，Georgios Lolasa，c，Lebogang Mphahlele ...
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低级编程语言汇编的特性, 项目案例及应用场景
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汇编语言 内容概要：本文详细介绍了汇编语言的特点、应用场景及其编写示例。汇编语言是一种低级编程语言，使用助记符来代表机器指令，与硬件紧密结合，执行效率高但可读性差。常见应用场景包括操作系统内核、设备驱动程序、嵌入式系统、性能优化等领域。 适用人群：软件开发人员，特别是对底层编程感兴趣的开发人员。 使用场景及目标：了解汇编语言的基本概念和特点；学习在操作系统内核、设备驱动程序、嵌入式系统、性能优化等场景中使用汇编语言的方法和技巧；掌握汇编语言的基础知识和编程工具。 其他说明：文章还提供了学习汇编语言的方法和资源，帮助初学者快速入门。
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