SRAToolkit 安装与使用

SRA Toolkit是ncbi下载.sra文件和转换.fastq文件的极好工具

1.下载压缩包

首先，到ncbi官网点击Download–>Download tools，找到SRA Toolkit，点击Download，找适合自己的版本，我是Ubuntu Linux64位，复制链接，在服务器上用wget下载。




下载

mkdir ~/SRAToolkit    #先建立一个放工具的文件夹
cd ~/SRAToolkit
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.9/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64.tar.gz

2.解压并配置环境

解压缩

tar xzvf sratoolkit.2.10.9-ubuntu64.tar.gz

配置环境

echo 'export PATH=$PATH:$HOME/SRAToolkit/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin ' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
vdb-config --interactive    #会出现一个框架，按字母x键退出，然后就可以使用啦

3.下载.sra文件以及转换.fastq文件

prefetch SRR1553610    #下载.sra文件
fastq-dump --split-e ./SRR1553610/SRR1553610.sra  #将.sra文件转换成.fastq文件

经测，速度很快