哈佛大学——差异表达分析（十四）Time course analysis

最新推荐文章于 2022-03-12 22:11:19 发布
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分类专栏： RNA-seq 笔记 文章标签： 生物信息学 r语言 数据分析
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_46585008/article/details/109586524
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本文介绍了如何利用DESeq2包在R语言中进行时程分析，通过似然比检验(LRT)探究时间点间的基因表达差异，重点关注处理效果随时间的变化。通过示例代码解释了如何设置完整模型和简化模型，并展示了LRT能识别出的差异表达基因模式。后续可通过聚类分析对重要基因进行功能分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

文章目录

学习目标

用DESeq2讨论时程分析（time course analyses）

用LRT进行时程分析

尽管基因表达的静态测量很流行，但生物过程的时程捕获对于反映它们的动态本质是至关重要的，特别是当模式很复杂，而不是简单的上升或下降时。在处理这类数据时，**似然比检验(LRT)**特别有用。我们可以使用LRT来探究一系列时间点之间是否存在显著差异，并进一步评估在不同样本类别之间观察到的差异。
例如，假设我们有一个实验，观察随着时间的推移，对两种不同基因型的小鼠的治疗效果。我们可以为我们的“完整模型”使用一个设计公式，该公式将包括我们数据中主要的变异来源:genotype, treatment, time和我们主要感兴趣的条件，也就是随着时间的推移处理效果的差异(treatment:time)。

注意:这只是我们假设实验的示例代码。您不需要运行此代码。

full_model <- ~ genotype + treatment + time + treatment:
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