【计算机辅助药物设计-从蛋白质结构到药物候选物的全方位实战】

计算机辅助药物设计的应用场景非常广泛，几乎涵盖了药物研发的各个阶段和各种类型的药物。可以帮助科学家快速、准确地发现和验证药物靶点。可以基于结构的药物设计（SBDD）、基于配体的药物设计（LBDD）以及高通量虚拟筛选（HTVS）等技术，从大量化合物中筛选出具有潜在活性的先导化合物，并对其进行优化，提高其药效和降低其毒性。可以预测药物分子与生物大分子（如蛋白质、核酸等）之间的相互作用模式。这有助于研究人员理解药物的作用机制，并设计出更精确、更有效的药物。对于传统中药，计算机辅助药物设计也可以帮助分析其活性成分和作用机制，为中药现代化和国际化提供科学依据。
由全国重点大学、国家“双一流”、“211工程”重点建设医药类高校副教授，硕士生导师讲授。发表SCI研究论文20余篇，主持和参与国家级、省部级自然科学基金项目多项。拥有多年新药分子设计和开发经验，主要擅长CADD、AIDD等药物设计方法研究。
生物分子互作基础与蛋白数据库应用
一、生物分子相互作用研究方法核心知识点：
1、蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理
2、分子对接研究生物分子相互作用
3、蛋白蛋白对接研究分子相互作用
二、PDB蛋白数据库核心知识点：
1、PDB数据库介绍及在药物研发中的价值
2、PDB蛋白数据库功能
3、PDB数据解读与下载
4、靶点蛋白结构类型、背景分析与相关资源获取实战演练：
1、PDB数据库的使用2、靶点蛋白结构序列下载3、批量下载蛋白质晶体结构
蛋白结构分析与建模
三、Pymol软件应用核心知识点：
1、Pymol软件安装与初始设置
2、基本知识介绍（如氢键等）与图解技巧

3、小分子与蛋白、蛋白与蛋白相互作用可视化
4、表面图、静电势表示与结构叠加及比对
5、绘制相互作用力及动画制作实战演练：
1、尼洛替尼与靶点相互作用分析、结合口袋表面图制作2、Bcr/Abl靶点结构叠合、蛋白相互作用动画制作3、ACE2与病毒Spike复合物相互作用图解
四、同源建模核心知识点：
1、同源建模的功能及使用场景
2、Swiss-Model 同源建模流程
3、蛋白序列搜索与比对（blast等方法）
4、蛋白模板选择与模型搭建
5、模型评价与优化（蛋白拉曼图）
实战演练： 用病毒Spike蛋白序列进行同源建模与评价
五、小分子构建与化合物库核心知识点
：1、Chemdraw软件应用
2、小分子结构构建与理化性质（如分子量、clogP等）计算
3、小分子数据库-DrugBank、ZINC、ChEMBL、天然产物、中药成分等数据库使用
实战演练：构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子 ；从指定数据库中挖掘目标化合物信息
分子对接与虚拟筛选
六、分子对接深度解析核心知识点：对接原理与对接软件（如AutoDock、DOCK等）
1、半柔性对接
1.1 小分子配体优化准备1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备1.3 蛋白受体格点计算1.4 半柔性对接计算2、柔性对接
2.1 小分子配体优化准备2.2 蛋白受体优化及坐标文件准备2.3 蛋白受体格点计算2.4 柔性对接计算及结果评价2.5 半柔性对接与柔性对接比较与选择
3、对接结果评价
3.1 晶体结构构象进行对比3.2 能量角度评价对接结果3.3 聚类分析评价对接结果3.4 最优结合构象的选择3.5 已知活性化合物对接结果比较

实战演练：1、激酶Bcr/Abl靶点抑制剂的半柔性对接及对接结果分析2、激酶Bcr/Abl靶点抑制剂的柔性对接及对接结果分析3、半柔性对接与柔性对接比较与选择七、虚拟筛选核心知识点：1、虚拟筛选定义、流程构建及演示2、靶点蛋白选择、化合物库获取3、虚拟筛选与结果分析（打分值、能量及相互作用分析）实战演练：Bcr/Abl靶点抑制剂的虚拟筛选并分析筛选结果八、小分子格式转换核心知识点：1、开源工具OpenBabel软件介绍小分子结构类型与格式转换