单细胞个性化分析之细胞通讯篇

作者，追风少年i

组织是一个有序的统一体，细胞与细胞之间不是割裂的存在，而是存在频繁的相互作用，这种相互作用，是通过配体细胞表达配体，配体作用于受体和受体细胞，从而引起受体细胞的生物学变化。正是因为这种频繁的相互作用，体现了细胞之间的有序统一，以及在受到疾病等外界刺激条件下对这种有序状态的影响和细胞之间交流的变化以应对这些刺激。为了分析细胞之间的相互作用，开发了很多方法，其中CellphoneDB[1]、CellChat[2]、NicheNet[3]最为经典，极大地促进了细胞交流的研究。

细胞通讯导论

多细胞生物是由不同类型的细胞组成的“社会”，而且是一个开放的“社会”，这个“社会”中的每个细胞必须协调他们的行为，为此，细胞建立通讯联络是必须的。如生物体的生长发育、分化、各种组织器官的形成、组织的维持以及各种生理活动的协调，都需要高度精确和高效的细胞间的通讯机制。

细胞之间的相互通讯是一个极其复杂的过程，通常指一个细胞发出的信息通过介质传递到另一个细胞产生相应的反应。细胞通讯中有两个基本概念：细胞信号传导和信号转导，前者强调的产生与细胞间的传送，而信号转导是接受与接收后信号转换的方式途径和结果。细胞有三种通讯方式：第一种通过化学信号分子，这是动物和植物最普遍采用的通讯方式；第二种通过相邻细胞表面分子的粘着；第三种通过细胞与细胞外基质的粘着。

细胞通讯基本过程：①信号分子的合成：一般的细胞都合成信号分子，而内分泌细胞是信号分子的主要来源。②信号分子从信号生成细胞释放到周围环境中：这是一个相当复杂的过程，特别是蛋白质类的信号分子，要经过内膜系统的合成、加工、分选和分泌，最后释放到细胞外。③信号分子向靶细胞运输：运输的方式有很多种，激素类主要是通过血液循环系统运送到靶细胞，而致密组织的信号分析则是释放到周围环境中影响周围的细胞。④靶细胞对信号分子的识别和检测：主要通过位于细胞膜或细胞内受体蛋白的选择性的识别和结合。⑤细胞对细胞外信号进行跨膜转导，产生细胞内信号。⑥细胞内信号作用于效应分子，进行逐步放大的级联反应，引起细胞代谢、生长、基因表达等方面的一系列变化。

细胞完成信号应答之后，要进行信号解除，终止细胞应答，主要是通过对信号分子的修饰、水解或结合等方式降低信号分子的水平和浓度以终止反应。示意图如下：

图1 细胞通讯示意图

而细胞之间的通讯，也成为了单细胞数据分析非常重要的一环。

单细胞通讯分析最常用的方法----CellphoneDB[1]

2020年Efremova M[1]等人发表的细胞通讯分析方法CellPhoneDB[1]，是单细胞分析细胞通讯最常见的手段，引用率远远高于其他方法，目前已经更新到了3.0版本，可以分析空间转录组的生态位通讯，关于空间转录组的通讯分析放在空间转录组部分分享。

数据库

CellPhoneDB[1]配有详细的受配体数据库，其整合了此前的公共数据库，还会进行手动矫正，以得到更加准确的受配体注释。此外，针对受配体有多个亚基的情况，也进行了注释。下面这张图显示了CellPhoneDB[1]配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白、蛋白质复合物、受配体关系，以及它们来源于什么数据库。数据库唯一的缺点就是物种是人，小鼠或其他物种进行分析需要做基因转换。

图2 CellPhoneDB数据库示意图

CellPhoneDB[1]推断细胞通讯的原理

CellPhoneDB[1]分析细胞通讯需要两个前提条件----表达矩阵和细胞注释，对于ligand-receptor这个互作关系，计算clusterA里面ligand的表达均值，计算另一个clusterB中receptor的表达均值，二者的均值为MEAN；在随机更换细胞的label之后，依据新的标签，计算“clusterA”里面ligand的表达均值，"clusterB"中receptor的表达均值，再求一个平均值mean，这样的过程重复多