五个基因ID转换工具分析

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DAVID

DAVID（Database for Annotation Visualization and Integrated Discovery 数据库注释可视化与综合发现）是一款全面的生物信息学工具，不仅支持基因功能富集分析，还具备强大的基因ID转换功能，能够将基因ID轻松转换为其他常用的ID类型。

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DAVID链接：

https://david.ncifcrf.gov/home.jsp

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BioMart

论基因ID转换的至高利器，非Ensembl的BioMart莫属。就像下面展示的那样。那么，要如何运用BioMart来进行基因ID的转换呢？

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首先，在Ensembl的四个数据库中选择最新版本的Ensembl Genes 111。随后，定位到人类相关的数据集Human genes，点击Filters。在Input external reference ID list中选择要输入的基因ID类型，这里我们仍然选用Gene stable ID(s)。接下来，点击选择文件按钮，上传包含先前提到的基因ID列表的文件。

然后，点击Attributes，选择要输出的ID类型。在GENE选项中，勾选输出Ensembl数据库的Gene stable ID和Gene name。在EXTERNAL前面的加号[+]上点击，展开选项，你还可以选择其他数据库的ID类型。为了与前文保持一致，这里我们选择NCBI gene ID，如下图所示。

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点击Results按钮，查看转换结果。点击GO按钮，可将结果以多种格式下载下来。

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工具链接：

http://www.ensembl.org/index.html

 

当然，Ensembl不仅括人类数据库，还涵盖了植物（如下图所示）、真菌、原生动物、后生动物、细菌数据库等多个领域。同样，你也可以利用BioMart进行这些领域的基因ID转换。

3

g:profiler工具

如果对BioMart不够满意，你还可以尝试使用g:profiler工具。其使用方法非常简单，只需将目标基因列表粘贴到Query列表中，选择相应的物种和目标gene id类型（这里选择Human和HGNC），对于纯数值的Numeric IDs则无需进行额外处理。

点击"Run query"按钮后，仅需数秒，页面下方即可呈现转换结果，随后，点击"Export to CSV"按钮即可下载转换结果表格。

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工具链接：

https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert

4  

基因ID转换

推荐使用Omicshare的基因ID转换工具，它支持拟南芥、牛、山羊、秀丽线虫、果蝇、斑马鱼、鸡、人、猕猴、小鼠、水稻、大鼠、酵母、番茄、猪、小麦、玉米等18种常见物种基因ID的相互转换。

打开基因ID转换工具页面，如下图所示。点击"选择文件"按钮，上传包含基因ID列表的文件。在列名选择中，选择"是"。在物种选择中，选取"Homo sapiens"。在输入ID类型中，选择"Gene stable ID"（即Ensembl gene ID）。在输出ID类型中，勾选"Gene name"（即Gene Symbol）和"NCBI_gene_ID"（即NCBI Entrez Gene ID）。最后，点击"提交"按钮。

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工具链接：

https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/convert_geneid

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Retrieve/ID mapping工具

uniprot 中的Retrieve/ID mapping工具是一个强大的功能，可以实现UniProt数据库ID与其他数据库ID的相互转换。

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工具链接：

https://www.uniprot.org/id-mapping