bio背景hub1：转录起始位点与启动子

补充一个小wiki：
https://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%95%9F%E5%8B%95%E5%AD%90

注意：

启动子是对应gene的调控区域序列，启动子在non-coding区，gene则是常规的coding-sequence（也就是coding region）——这是两个分隔的区域

启动子一般在gene上游，结构上再启动子-gene的1st外显子之间还有一段序列，不然为什么分隔？

起始密码子是在第一个外显子上的前3个碱基；

其实这一段分隔出来的区域是5’-UTR，也就是非翻译区（当然能转录）

所以大致序列分布，在脑海中有个印象：
启动子region-TSS-5’ UTR-gene（此时是第一个exon）

总之理解概念序列分布即可：
启动子region-TSS-5’ UTR-gene（此时是第一个exon）

此处粗略使用TSS作为分界线，以上下游区分启动子、5’ UTR区域等

部分ref：https://blog.csdn.net/songyi10/article/details/126413932

当然做生信分析时就比较粗糙了（部分涉及到bed文件集合运算等，主要是交集运算等）：

其实我们一般的疑惑是：
TSS与启动子的关系

https://mp.weixin.qq.com/s/n4wsmH6cXJqES9AmaQk3nw

众所周知真核生物有3种RNA pol，我们主要关注的是pol II，因为其主要转录mRNA，也就是coding gene，而蛋白质编码gene是我们主要关注的；

所以对应pol II识别的II类启动子结构是我们首要关注的重点：

（from个人高级生化课件——至少这个是真的，是我课上的课件，以这个为准）

综上：
在我们生信研究的一般背景或者是语境中：
我们所说的启动子（也就是II类启动子）是包含TSS的，

也就是**TSS是在启动子序列中**的

实际上是：启动子包含起始子/引发子Inr元件（而Inr以TSS为中心）

启动子region（Inr中含有TSS）-5’ UTR-gene（此时是第一个exon）