结束对接-pymol结果处理

vina分子对接结果是得到一个pdqt的输出结果，这个结果里面包含了多个不同姿势的小分子以及对接分数

我们把这个结果导入到pymol中，超级无敌重要的一点——路径中一点点中文都不要有，不然打不开

state这个里面就是有几个，可以箭头上下移动看姿势

然后导入你对接的蛋白质，pdb或者pdbqt格式都可以，就会得到这样的文件

下一步选择要到处的结合最好的一个姿势，一般就是第一个了

保存好复合物形式之后，把保存的复合物pdb文件再次导入pymol中，进行处理，我是随便打开我的文件的，这个是打开后的样子

进行背景设置，白色好看一点

之后选择蛋白质的表现形式，搞成发表的形式，文章好看一些

之后选中小分子，进行分子间氢键的找寻

如果有氢键，可以给氢键改颜色

之后寻找，小分子与蛋白质相互作用的一些氨基酸残基先展开成棍棒形式

按住右键可以放大了看和找寻    提示：左键可以旋转整个蛋白质

之后选好了，一定记得把配体就是我们的小分子也要选上，之后在右手边的H上选择隐藏棍棒形式

然后在选择上就selset这个地方把棍棒形式显示出来

发现少了一步，更新更新，选好了相互作用的氨基酸残基，但是没有给残基标示label

选中上面的氨基酸残基，然后选择L里面的

可以给配体以及相互作用的氨基酸残基选择颜色在右手边的C上

然后将小分子设置在中心位置，准备导出

这里可以选择分辨率大小以及图片的大小，看自己的需求，一般我会选择正方形加300ppi的像素

然后选择保存就可以了