R中将h5ad格式的单细胞数据转换为Seurat对象

h5ad格式的单细胞数据是python读取文件格式，要将其应用到R中就必须转换为seurat包可操作的对象

下载及调用R包：

#安装moiayeazure/eucat-disk这个GitHub包
install.packages("remotes")
remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk",force = TRUE)

##调用包
library(SeuratDisk)
library(patchwork)
library(Seurat)
library(dplyr)
library(ggplot2)

转为seurat对象：

#读取h5ad数据。h5ad是python的Scanpy读取文件格式，对其进行格式转换，并得到.h5seurat格式的文件
Convert('D:/R/h5ad/raw data/hca_heart_neuronal_raw.h5ad', "h5seurat",
        overwrite = TRUE,assay = "RNA")
seurat_obj <- LoadH5Seurat("D:/R/h5ad/raw data/hca_heart_neuronal_raw.h5seurat")

转换完后发现矩阵的列名不是我们常用的，于是替换掉列名：

#替换列名
colnames(seurat_obj@meta.data)[7]<-"nCount_RNA"
colnames(seurat_obj@meta.data)[8]<-"nFeature_RNA"
colnames(seurat_obj@meta.data)[9]<-"percent.mt"

然后就可以进行seurat包常规操作了