测序数据深度怎么求

先将二代测序的下机数据转化为fastq格式，可以然后比对到参考基因组得到sam文件，再将sam文件转化为排序好的bam文件，利用samtools软件就可以求出数据的测序深度

samtools view -bS *.sam > *.bam

samtools sort *.bam -o *.sorted.bam

samtools depth *.sorted.bam > *.depth.txt

输出文件的含义是：第一列是染色体名，第二列是染色体位置，第三列是对应位点的覆盖层数（即测序深度），如下图：

cut -f3 *.depth.txt | sort | uniq -c | sort -nr -k1

输出文件的含义为：【29844382 1】表示——测序深度为1的有29844382个位点，如下图：