samtools depth & samtools bedcov & bedtools coverage 的区别与用法

用法如下：

bedtools coverage -a diff_peak.bed -b clean.bam -counts >.peak.count.xls # 计算区间的平均测序深度（常用）

samtools bedcov gene.bed sample.bam # 计算bed区间所有位点测序深度的加和

samtools depth test.bed sample.bam # 计算单个位点或给定bed文件区间内所有单位点的深度

bedtools coverage diff_peak.bed -b clean.bam > samp.depth.txt
samp.depth.txt 统计结果的输出文件，格式为7列：染色体、区间起始位点、区间结束位点、该区间内的reads数、该区间内的碱基数、区间大小、该区间的平均覆盖度