webSCST:一个用于scRNA-seq和空间转录组数据整合分析的web工具

webSCST是一个用户友好的在线平台,用于整合scRNA-seq和空间转录组数据。它提供了数据上传、处理、质量控制、数据库查询和数据集成等功能,帮助用户获取细胞类型的空间信息。用户可以通过简单的步骤上传scRNA-seq数据,进行质量控制和聚类,然后与预收集的空间转录组数据匹配,实现数据整合分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

作为一项新兴技术,空间组测序通常要么昂贵,要么耗时,而且不同的研究结果的格式也大不相同。另外,由于整合工具发展迅速,目前尚未有金标准。因此,用户一般需要尝试几种不同的工具来获得有生物学意义的结果。此外,由于不同的工具往往要求不同的输入格式,这个过程需要生物学家花费大量的时间和精力。

为了应对这些挑战,来自中国的科研团队开发了一个用户友好的web应用程序webSCST,旨在方便用户使用scRNA-seq数据获取预测的空间信息。                                   

http://www.webscst.com

webSCST是什么?

webSCST是第一个用于scRNA-seq数据和空间转录组整合的web工具。用户友好的互动界面提供了三个主要功能:单细胞数据的上传和处理、空间转录组数据库和整合。用户可以上传他们的原始scRNA-seq数据,经过处理并与我们手工收集的空间转录组数据集自动匹配,最终得到每种细胞类型的预测空间信息。

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