作为一项新兴技术,空间组测序通常要么昂贵,要么耗时,而且不同的研究结果的格式也大不相同。另外,由于整合工具发展迅速,目前尚未有金标准。因此,用户一般需要尝试几种不同的工具来获得有生物学意义的结果。此外,由于不同的工具往往要求不同的输入格式,这个过程需要生物学家花费大量的时间和精力。
为了应对这些挑战,来自中国的科研团队开发了一个用户友好的web应用程序webSCST,旨在方便用户使用scRNA-seq数据获取预测的空间信息。
http://www.webscst.com
webSCST是什么?
webSCST是第一个用于scRNA-seq数据和空间转录组整合的web工具。用户友好的互动界面提供了三个主要功能:单细胞数据的上传和处理、空间转录组数据库和整合。用户可以上传他们的原始scRNA-seq数据,经过处理并与我们手工收集的空间转录组数据集自动匹配,最终得到每种细胞类型的预测空间信息。