SpatialTE是一款用于分析空间转录组数据中转座因子（TE）表达的生物信息学工具，尤其关注其在组织内的空间分布。通过精确的指标计算和用户定义的阈值过滤，SpatialTE揭示了TE在不同组织和疾病状态下的表达差异，为理解TE在基因调控中的作用提供了新视角。该工具已在多种组织中应用，包括小鼠大脑、脊髓和肾脏，表现出其在揭示TE空间表达模式方面的潜力。
空间转录组学（ST）正在改变我们研究基因表达的方式。然而在大量转录组数据中，转座因子（TE）由于其高度重复性而未被研究。近年来，TEs被认为是基因表达的重要调节因子。因此，以空间分辨率的方式进行TE表达分析，可以进一步帮助了解它们在组织内基因调节中的作用。
近日，《International journal of molecular science》发表了一个从ST数据集分析TE表达的工具：SpatialTE。
SpatialTE是什么？
为了提高ST分析的潜力，科研团队开发了SpatialTE，这是一个定量的生物信息学工具，可以从ST获得的组织（如大脑、脊髓、肾脏等）数据集中检查和分析TE表达。
SpatialTE的工作流程
根据使用的ST技术，虚线框对应于SpatialTE的输入文件（以文件图标和名称显示）。绿色框对应于外部ST分析流程的运行（执行每个空间点的基因表达的读取对齐和识别），而黄色框
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