论文题目：Comammox Nitrospira within the Yangtze River continuum: community, biogeography, and ecological drivers
期刊：ISME Journal
IF：9.18
发表时间：2020
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摘要
Comammox Nitrospira作为完全硝化者的发现从根本上重新定义了自然和工程系统中的氮循环，但环境因素对这些新发现细菌的影响还知之甚少。
通过成功组装的十个全新的基因组（完整性为71％至96％），本研究首次绘制了长江流域内浮游和底栖comammox Nitrospira的生物地理模式。
本研究的结果表明，在长江这个大型淡水系统中，Comammox Nitrospira的分布广泛并且相对丰度较高，分别占水体和沉积物中氨氧化原核生物（AOP）的30％和46％，并且在水和沉积物中比典型的Nitrospira的丰度分别高30.4倍和17.9倍。
在pH值较高且温度较低的典型贫营养环境中，特别是在上游的高原、山地和丘陵地区，Comammox Nitrospira对硝化微生物的丰度贡献更大。
由于环境选择的缘故，从高原到下游平原，典型的Nitrospira亚类I/II和氨氧化细菌取代了浮游性的Comammox Nitrospira在硝化微生物中的主导地位，而底栖的Comammox Nitrospira的丰度主要与样品间的地理距离相关。
在三峡大坝下游立即出现了底栖Comammox Nitrospira丰度的大幅下降，下降了83％，这与总体沉积物细菌类群的下降比例相一致。
总之，这项研究突出了以前在主要河流系统中并不受重视的Comammox Nitrospira的重要性，并强调了在全球淡水环境中重新审视硝化过程的分布和控制因素的重要性。
引言
硝化作用是地球上生物地球化学氮循环的关键过程，这一过程每年分别在全球陆地和海洋环境中可以转化3.3和20亿吨的氮。
在过去的一个世纪中，硝化作用通常被认为是由两类化学自养型硝化微生物催化的两步过程，分别为氨氧化古细菌（AOA）或细菌（AOB）以及亚硝酸盐氧化细菌（NOB）。然而，最近发现NOB硝化菌属中的一种微生物会将氨完全氧化成硝酸盐（这一过程称为comammox），这极大地挑战了两步硝化的观点。
迄今为止，所有已报道的comammox细菌在系统遗传学上均属于Nitrospira亚系II，根据其氨单加氧酶（amo）的系统发育，将检测到的Comammox Nitrospira分为A和B两类，这两类细菌具有不同的氨摄入系统。
Comammox Nitrospira的amo操纵子在系统发育上不同于其他硝化微生物，这可能可以作为鉴定和定量该物种的的可靠生物标记。
作为第三类需氧氨氧化原核生物（AOPs），Comammox Nitrospira由于对硝化作用的贡献而受到了广泛的关注。例如，已经从多个工程环境中，包括石油勘探井、循环水产养殖系统生物滤池、地下水饲用快速砂滤池、几个饮用水系统和生物废水处理系统，获得了Comammox Nitrospira宏基因组组装基因组（MAGs），这对于理解其代谢的多功能性、生态生理学和进化史具有重要意义。
此外，宏群落分析表明，淡水、潮间带沉积物和土壤等各种自然生态系统中都存在Comammox Nitrospira，其在区域到全球范围内对氨和亚硝酸盐氧化起重要作用。
河流是典型的流动型生态系统，是将数百万吨有机物质和养分从大陆转移到海洋的主要通道，在全球生物地球化学循环和能源流动中具有重要的作用。
大型河流是人类文明繁荣的摇篮，另一方面，它们也被认为是过量生物可利用氮的关键汇，在其中硝化作用、反硝化作用和厌氧氨氧化相结合，以维持氮负荷的平衡。
最近的研究已经证实，在特定河流的沉积物中存在着Comammox Nitrospira，但是，在受复杂的自然和人为影响的大型河中，对Comammox Nitrospira群落及其成员对硝化微生物的相对贡献的调查非常少。
为了填补这一空白，本研究在沿长江6030公里的连续区域实施了同步监测，并得到了这条亚洲最大河流中浮游和底栖Comammox Nitrospira的第一个生物地理模式图谱。
本研究不仅证实了Comammox Nitrospira的广泛存在，而且还揭示了它们在环境选择的驱动下，特别是在长江沿岸的高原、山区、山麓和河口地区，对AOP和Nitrospira属丰度的贡献。
研究技术路线
结果
原核生物的组成结构
本研究获得了长江全流域的整体原核生物分类学图谱，其中细菌是丰度最高的物种，在水体中占99.7%，沉积物中占97.6%。
在门水平，Proteobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Actinobacteria、Elusimicrobia和Acidobacteria是主要的原核生物，其总丰度在水体中达到了90%左右，在沉积物中也有70%以上。
Nitrospirae在浮游原核生物中占0.5%左右，而在底栖生物中占2%左右。
在属水平，Streptococcus、Endomicrobium、Klebsiella和Myroides是丰度最高的物种，在浮游和底栖原核生物中的丰度分别为19.5%和18.8%。
新型Comammox Nitrospira基因组重构
本研究使用单一样品拼接+binning的方法重构长江中Comammox Nitrospira的基因组，共获得了10个新型的Comammox Nitrospira MAGs，完整度在71%-96%之间，污染率均低于5%。
这些MAGs的大小在2.6-3.7Mb之间，基因组比较现实其中的硝化作用相关基因与目前唯一发现的完全硝化微生物Nitrospira inopinata具有很高的相似性。
使用MAGs中的amo操纵子进行的系统发育分析表明，所有发现的MAGs均属于A类Comammox Nitrospira。
对于其中的8个MAG，氨氧化途径的amo和羟胺脱氢酶或细胞色素c成熟基因位于非常接近的基因组区域。
另外，在长江的Comammox Nitrospira中发现了新的基因排列顺序，在氨氧化基因簇附近，有7个MAG含有1-3个用于脱氨的肽酶，其中3个（分别命名为YR-XLD，YR-PS和YR-XJB）含有另外的铜氧还蛋白以维持氨氧化过程中的铜稳态，另外三个（YR-WHU，YR-XLJ-2和YR-XLJ-3）具有fkpA-细胞色素c-nirK基因簇，推测其在周质亚硝酸盐还原为一氧化氮中起作用。
为了确定发现的这些Comammox Nitrospira MAGs在Nitrospira中系统发育位置，使用了37个必须的基因用来构建NJ树和最大似然树，发现所有Comammox Nitrospira都属于Nitrospira亚系II。
在系统发育树中，来自长江的十个Comammox Nitrospira MAGs分别位于四个不同的分支上，根据系统发育和ANI结果，Comammox Nitrospira clade A可以分为A-I和A-II两个亚系，还可以进一步分为A-Ia、A-Ib、A-Ic、A-IIa和A-IIb。
由于现在已知的Comammox Nitrospira基因组非常少，本研究新发现的基因组极大的增强的该谱系的生物多样性。
Comammox Nitrospira的生物地理图谱
根据建立的系统发育树，本研究建立的长江流域Comammox Nitrospira的生物地理图谱，Comammox Nitrospira基因组在水和沉积物样品中的平均丰度分别为0.25%和0.36%。
Comammox amoA序列的数量在9个站位的水中和14个站位的沉积物中超过了的AOA或AOB序列，Comammox Nitrospira在浮游和底栖AOP中的平均比例分别为30％和46％（14.5–86.6％），这表明Comammox Nitrospira是长江中AOP的重要组成成分之一。
不仅在长江源区和主体样品之间，而且在水和沉积物样品之间均观察到了显著的Comammox Nitrospira群落差异，并且长江水和沉积物之间的Comammox Nitrospira的组成差异远大于AOA或AOB。
Comammox Nitrospira，而不是典型的AOP，在河流沉积物中显着富集，这可能表明它们的微需氧适应性和附着生长偏好。
此外，宏观地貌对Comammox Nitrospira和典型的AOPs的空间变化同样具有显著影响，对于浮游和底栖生物群落，在高原、高山和山麓地区，Comammox Nitrospira在AOP中所占比例显着高于低丘陵和平原地区。
在高原地区，Comammox Nitrospira clade B在占主要地位，其在浮游和底栖AOP中的占比能够达到27.7–64.4％，而在低山丘陵和平原的大多数水和沉积物样品中，常规的AOP比Comammox Nitrospira的丰度更高，其中Nitrosoarchaeum、Nitrosopumilus、Nitrosospira、Nitrosovibrio和Nitrosomonas是主要的属。
值得注意的是，在河口地区，Comammox Nitrospira比AOA或AOB的丰度更高，这一发现与在类似河口环境中从PCR分析得出的结果不一致。
Comammox Nitrospira在30个站位的水体和23个站位的沉积物中的丰度要明显高于常规Nitrospira，表明Comammox Nitrospira在长江的Nitrospira群落以及亚硝酸盐氧化过程中占有非常重要的地位。
对于不同亚系的Comammox Nitrospira，其丰度在长江流域具有不同的变化趋势，Comammox Nitrospira clade B在高原的水和沉积物中的丰度要高于clade A，在高原中Clade A-IIa是丰度最高的A亚类，而在下游河口地区，clade A-Ic则是丰度最高的A亚类。
地理距离和环境因子的作用
在长江的水和沉积物中，随着样品间地理距离的增加，Comammox Nitrospira和AOP群落的相似性显著降低，并且浮游群落的地理距离衰退要显著强于底栖群落。
VPA结果显示，对于浮游的Comammox Nitrospira和AOP群落，环境因子的影响要明显强于地理因素，说明确定性的环境过滤是长江中浮游Comammox Nitrospira和AOP群落变化的主要驱动力。
相比之下，底栖Comammox Nitrospira和AOP群落则更多的是受到地理距离的影响。
之后作者分析了单独环境和空间因子与Comammox Nitrospira和AOP群落的相关性，结果显示，Comammox Nitrospira和AOP的变化与营养物质的梯度，包括水中的TN以及沉积物中的TOC和TP显著相关。
水中氨氮的浓度与浮游AOP显著相关，但是对Comammox Nitrospira没有明显影响。
Comammox Nitrospira和AOB或常规Nitrospira的比例与氨氮、TN、TOC和TP显著负相关，浮游Comammox Nitrospira和AOB或常规Nitrospira的比例与温度显著负相关，浮游Comammox Nitrospira和AOA的比例与DO显著正相关，Comammox Nitrospira与常规Nitrospira的比例与水和沉积物的pH显著正相关。
三峡大坝的影响
PCoA表明三峡大坝上游和下游的沉积物AOP群落具有显著的差异。
同时多种主要的Comammox Nitrospira，在三峡大坝上游沉积物中的平均丰度为31.1%，而在大坝下游的沉积物中其丰度出现的显著的下降，同样的现象也在主要的AOB中出现，但是一些AOA的丰度却在大坝下游的样品中出现的提升。
讨论
comammox这种的新型生物学特征的发现颠覆了我们对氮循环微生物的看法，因此必须在各种生境中评估Comammox Nitrospira对硝化微生物的生态作用，本研究中，作者给出了长江流域浮游和底栖comammox Nitrospira的第一个生物地理学图谱。
大多数Comammox Nitrospira MAGs都是从富含Nitrospira的工程生态系统中提取出来的，本研究从河水和沉积物中重构了十个基本或接近完整的Comammox Nitrospira MAGs，这位Comammox Nitrospira的研究提供了基础。
在所有构件的MAGs中都检测到氨和亚硝酸盐氧化途径的遗传操纵子，新发现的基因排列可能赋予了comammox Nitrospira特定的功能。
接近氨氧化基因簇的肽酶可能赋予YR-XLD，YR-PS和YR-XJB在肽分解氨氧化方面的竞争优势同样，靠近氨氧化基因的fkpA-细胞色素c-nirK可能赋予YR-WHU，YR-XLJ-2和YR-XLJ-3高效合成NO的优势。
此外，通过将comammox clade A划分为更小水平的亚谱系，可以改善其系统发育和分类学隶属关系。
基于16S rRNA，nxrA和nxrB的方法无法将Comammox Nitrospira与常规的Nitrospira区分开来，这是长期忽视Comammox群落的原因之一。长江中A-Ib，A-Ic，A-IIa和A-IIb进化枝的新型MAGs的基因组重建扩大了Comammox Nitrospira的多样性，这促进了对大河流域生物地理学的研究。
自然和人工设计的生态系统的研究已证明了了Comammox Nitrospira、常规AOP和NOB共存，提出了关于完整硝化微生物组成和作用的新的假设。
除了小规模的河段和河口，长江这样大型河流的水和沉积物中同样普遍存在Comammox Nitrospira，其中浮游和底栖Comammox Nitrospira分别占AOP的30％和46％，并在许多站位占主导地位。
先前只有一项针对两个河流沉积物的研究发现Comammox Nitrospira的丰度高于AOB，而在其它自然环境的研究中，AOA或AOB的丰度均显著高于Comammox Nitrospira。Comammox Nitrospira已经在饮用水系统、快速重力滤砂器、循环水产养殖系统和废水处理厂等工程环境中被证明是最主要的AOP。
在长江大部分地区的亚硝酸盐氧化微生物中，Comammox Nitrospira比典型的Nitrospira亚类I/II要丰富得多。在较低的氨浓度下，Comammox Nitrospira可能不会将亚硝酸盐排放到细胞外，这可能会减少附近NOB的可用亚硝酸盐水平。
写在后面
剩下的讨论不想翻译了，你们感兴趣的自己看一下吧，还有好几页????
可能是我对氨氧化确实是不够了解，没有这方面的基础，所以这个讨论看的很吃力，而且我最后的感觉就是讨论写了特别的多，每一句话也都没错，也都有用，就是放在一起我没看出来到底讨论出了什么新东西。
对于很多文章我都有这种感觉，长篇大论的讨论，然而我是真的跟不上作者的逻辑，有时候前后两句话之间到底有什么关联我都不明白，也不知道写这么多讨论是干什么。
我自己的文章通常讨论其实不会很多，然而往往投稿的时候审稿都会说讨论写的太少了，也不知道是真觉得能讨论什么我没说还是觉得我写的少就是在糊弄，不过我还是不喜欢那种超长的流水账式或者更委婉的说综述式的讨论，好像有一种我看过这个文章我要不写到讨论里就白看了的感觉。
也不是说这种讨论都没有用，可能写了十段话，3段真的讨论出来点东西，剩下的都是相当于文献总结，也不知道和文章结果有什么关系，看完了感觉写与不写好像也没什么区别，最后的感觉就是写成了一个枝繁叶茂的大树，但是果子都被树枝挡住了。
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