GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

最新推荐文章于 2024-03-01 23:43:09 发布
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分类专栏： 宏基因组
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本文链接：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/80573399
版权

德国弗莱堡大学在2018年6月于GigaScience上发表了微生物组分析框架，
ASaiM: a Galaxy-based framework to analyze microbiota data

① ASaiM是一个模块化和用户友好的用于微生物数据分析的框架；② 基于开源Galaxy平台，集成了超过100种分析工具，内置若干参考分析流程，通过Docker方式快速部署；③ 避免了Mothur、QIIME等命令行工具难学难用和MG-RAST、EBI等在线服务缺少透明性的缺点；④ 可用于组装、提取、探索和可视化宏分类学、宏基因组和宏转录组序列中的微生物信息；⑤ ASaiM可在PC机上运行，同时是开源软件（Apache 2协议），有丰富文档。

框架实战

项目源代码：
https://github.com/ASaiM/framework

帮助文档：
http://asaim.readthedocs.io/en/latest/

Galaxy可用软件详见：https://toolshed.g2.bx.psu.edu

自动化布置ASaiM的脚本:
https://quay.io/repository/bebatut/asaim-framework.

测试平台基于 Ubuntu 18.04 LTS Desktop

安装docker

官方安装docker教程 https://docs.docker.com/install/linux/docker-ce/ubuntu/#prerequisites ，正常安装，步骤多，且无18.04版本

我们采用Ubuntu自16年以后推出的snap安装方式，类似另一种容器

sudo snap install docker

运行

首次运行自动下载镜像，如果docker不在root组，需要加sudo；
系统映射内部80端口到外部8080端口，

sudo docker run -d -p 8080:80 quay.io/bebatut/asaim-framework

首次运行需要下载相关镜像文件，可能需要几个小时。

网页访问

访部你所在电脑的IP:8080即可访问你自己的Galaxy。
本机只需访问localhost:8080。

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丰富的教程

即使你不懂分析代码，也可以全鼠标操作完成扩增子、宏基因组分析。

内部提供了详细的教程，如宏基因组数据分析教程：提供了图文并茂的扩增子、宏基因组理论+实战教程。 Analyses of metagenomics data - The global picture

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结果可视化

除了传统的Krona物种图，
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还有柱状图、气泡图、桑基图、Donut分区图等。

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最后，对流程感兴趣的，看一下它的全部流程。

image

有服务器的朋友自己试试吧！

Windows也是可以运行Docker的，试试 - 开启win10内置Linux子程序

Reference

  1. https://mp.weixin.qq.com/s/tD9rBtojAfexfjANQgJsHA
  2. Batut, B., et al. (2018). “ASaiM: a Galaxy-based framework to analyze microbiota data.” Gigascience.

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