​云上生信，未来已来 | 转录组标准分析流程重磅上线！

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现在，有参转录组标准分析流程重磅上线，只需上传数据，轻松点击。本工具执行一套非常流行的转录组定量分析流程，即 Hisat2 + Stringtie 经典组合，其步骤为：

1. hisat2，将经过质控得到的 Clean data，比对到参考基因组上；

2. samblaster，去除PCR或光学重复;

3. samtools，去除不合格的比对序列，将 SAM 文件转换成 BAM 文件；

4. stringtie，结合 hisat2 得到的比对文件（BAM）和基因组注释文件（GTF），进行定量分析，得到每个样本的表达量文件（FPKM / TPM）；

5. prepDE.py，将 FPTM / TPM 转化为 Counts 计数的表达量矩阵，用于后续差异基因等分析。

TIPs：

• 原始数据处理，需要大量计算资源（按需付费），请联系管理员配置（ 微信：ilovebtit ）。

• 运算时间跟数据量大小有关，提交任务后请耐心等待。

工具地址

UseGalaxy.cn > RNA ANALYSIS TOOLS > Standard Analysis > 有参转录组定量分析

图文教程

上传数据，轻松分析 | 云上转录组标准分析流程使用指南

视频教程

活动规则

• 2023年12月15日 - 2023年12月31日，为项目公测时间。

• 公测期间，转发本推文至朋友圈积赞，一个赞可免费分析一个转录组，1000个样本封顶。

• 征集Galaxy生信云平台使用经验教程，一经采用，稿费从优（长期有效）。

• 协助推广Galaxy生信云平台的朋友，可获得现金或云平台计算资源的奖励（交个朋友）。

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