sed命令抽离模拟结束后gro文件里的溶剂

在gromacs分子动力学模拟结束以后,可以将.gro文件转换成.pdb文件,然后抽掉里面的溶剂和离子进行后续的分析。
可以使用sed命令抽掉溶剂分子,十分简单快捷。

gmx editconf -f md_0_1.gro -o md_0_1.pdb  #文件转换
sed -i "/SOL/d" md_0_1.pdb   #删除含有SOL所在的行

最后可以再手动抽掉离子即可。

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值