在gromacs分子动力学模拟结束以后,可以将.gro文件转换成.pdb文件,然后抽掉里面的溶剂和离子进行后续的分析。
可以使用sed命令抽掉溶剂分子,十分简单快捷。
gmx editconf -f md_0_1.gro -o md_0_1.pdb #文件转换
sed -i "/SOL/d" md_0_1.pdb #删除含有SOL所在的行
最后可以再手动抽掉离子即可。
在gromacs分子动力学模拟结束以后,可以将.gro文件转换成.pdb文件,然后抽掉里面的溶剂和离子进行后续的分析。
可以使用sed命令抽掉溶剂分子,十分简单快捷。
gmx editconf -f md_0_1.gro -o md_0_1.pdb #文件转换
sed -i "/SOL/d" md_0_1.pdb #删除含有SOL所在的行
最后可以再手动抽掉离子即可。